背景介绍：
企业自去年起因资金短缺（最初有公司向员工发送email的情况说明，今年没有了）问题没有按月发放过工资，少则拖延1-2个月发，多则现在有3个月的工资还没有发放。公司一直说很快就解决了，所以大家的社保每月按时扣缴，实则断断续续的在交。
问题一：
1、如果离职时是按公司拖延工资和社保欠费的理由离职的，可以申请经济补偿金吗？具体怎么计算？
2、如果离职时是按个人原因为理由离职的，可以申请经济补偿金吗？
问题二：
社保个人承担部分每月从工资中扣缴，实际情况是公司没有给大家按月交，是欠费状态。公司承诺资金解决后给补上。
离职时这部分怎么处理才能保证个人利益呢？是等待公司补缴？还是可以让公司把已扣但未交的部分退给个人呢？
问题三：
1、申请经济补偿金的依据是《劳动合同法》第46、47条吗？
2、可以同时根据《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》的相关规定申请25%的经济补偿吗？这个25%是自上一年开始至今没有按时发工资总额为基数，还是以离职时没有发放的工资总额为准呢？
希望专业人士按问题给出详尽的解答，不欢迎简单粘贴法条的回答方式。
从提问看，您还真是研究了很多呀。提倡劳动者依法维权。下面言归正传吧。在回答您的问题之前，要提示一下，对于单位是否欠缴社会保险问题，建议您带着身份证到当地的社会保险经办机构，一般称为社保中心去查询一下，这个对个人是公开的信息。弄清欠缴了多长时间、具体欠缴月份等。
问题一
1.答：依据劳动合同法第三十八条和第四十六条规定，单位未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险，劳动者可以提出解除劳动合同，单位要支付经济补偿金。
具体的算法，依据劳动合同法第四十七条计算。简单说就是您离职前十二个月的平均工资乘以您在单位工作的年数（按周年计算，不足六个月的部门，按0.5年计算）。
提示：在离职时，最好以书面提出并且写明是因为单位的什么什么原因，我才申请离职的。
2.答：如果按个人原因提出离职，不能得到经济补偿金。
问题二
答：缴纳社会保险是劳动者和单位的法定义务，法律规定单位对劳动者应当缴纳的社会保险进行代扣代缴，不能以现金形式发给个人。如果已经发给了个人，在补缴时，个人部分还是应当由个人缴纳的。也就是说，最好是让单位给你补上，而且只有补上了你的社会保险关系才能够转移，也就是说下一家单位录用你后，才能顺利地为你办理缴纳社会保险的手续。
问题三
1.答：是的。劳动合同法是从2008年1月1日开始实施的，这个时间以后解除劳动合同的，都依据该法律。如果你们的劳动合同是2008年1月1日以前签订的，以单位未缴纳社会保险或及时足额支付劳动报酬为原因提出解除劳动合同，经济补偿年限自2008年1月1日期起计算。
2.您说的这个25%的经济补偿金，是有条件的，即单位是无故拖欠或克扣劳动者劳动报酬。但如果您单位确实是经应困难的话，应该不属于无故克扣的情况。
此外，基数应当是没发的部分。
法律规定的您应得到的权益，就是我上面回答您的那样。如果您决定要离职，还是建议您先行与单位协商。如果单位真的是经营存在严重困难的话，建议与单位先行协商，谨慎进入法律程序。
··拖欠工资是违法的、侵权的，可以向劳动局举报查处。
1、公司最长超过三个月未支付工资，违反了《劳动法》第五十条“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资”的规定；欠缴社保违反了《劳动合同法》第十七条第七款的规定。以上两种行为都侵害了劳动者的合法权益，可以依据《劳动合同法》第三十八条的规定，解除与公司的劳动合同，并依法获得相应的经济补偿（执行第四十七条的标准，即工作满一年一个月工资，工作不满六个月为半个月工资）。
2、如果离职时是按个人原因为理由离职的，是不可以主张经济补偿的。
3、社保只能补缴，不存在退费给个人问题，可以在解除劳动合同时要求公司补缴欠缴的社会保险费（个人承担自己应缴部分）。
4、主张经济补偿的法律依据是《劳动合同法》第四十六条和第四十七条。
5、虽然《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》还未废止，但《劳动合同法》做了与此相关的明确规定，即第八十五条“用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（三）安排加班不支付加班费的；
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。”因此，你想主张额外赔偿，应以第八十五条为准。但前提是用人单位没有按照劳动行政部门规定的履行期限履行其向劳动者支付相关费用的法定义务。换言之，只有在向劳动行政部门举报被受理，但公司拒绝履行法定义务后，才可以主张。
问题一：
1、如果离职时是按公司拖延工资和社保欠费的理由离职的，可以申请经济补偿金吗？具体怎么计算？
答：可以单位位缴纳社保为由，要求解除劳动合同，支付拖欠的工资，并支付经济补偿金=合同解除前12个月的月平均工资*月数（工作一年算一个月）
2、如果离职时是按个人原因为理由离职的，可以申请经济补偿金吗？
答：个人原因主动离职，没有补偿金
问题二：
社保个人承担部分每月从工资中扣缴，实际情况是公司没有给大家按月交，是欠费状态。公司承诺资金解决后给补上。
离职时这部分怎么处理才能保证个人利益呢？是等待公司补缴？还是可以让公司把已扣但未交的部分退给个人呢？
答：仲裁的时候，可以协商，让单位把单位缴纳的部分折合成现金支付给你，协商一致的，达成调解协议即可；
协商不成的，仲裁委下裁决，裁决单位为你全部补缴（单位+个人），你把单位缴纳的部分支付现金给单位
问题三：
1、申请经济补偿金的依据是《劳动合同法》第46、47条吗？
答：是的
2、可以同时根据《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》的相关规定申请25%的经济补偿吗？这个25%是自上一年开始至今没有按时发工资总额为基数，还是以离职时没有发放的工资总额为准呢？
答：可以的。。。但是实践中，仲裁委要认定是单位恶意拖欠工资，才会支持25%的补偿金。。。但从你的描述来看，单位之前有和你们沟通过，且也陆续补发个工资， 这种情况很难认定是单位恶意拖欠的。。。你可以主张，但是很难被支持。。。
以离职时没有发放的工资总额为准