日本方面担心与台湾发生的争执，如对台湾施加压力，会牵涉到与大陆的问题，因此当时防卫厅只表示“非常困扰，这是外交问题不予置评”。
据台湾《联合晚报》报道，对于日本有意扩大“防空识别区”，台“立委”林郁方表示，由于“防空识别区”并非国际法规范的项目，未来双方将出现重叠的情形。
林郁方要求，若日本飞机未经通报进入此一重叠区域，台湾方面应依擅入“防空识别区”处理，即要求日机通报其位置、意图，甚至要求日机飞离，台“外交部长”杨进添则以“是”、“一点也没错”表示同意。
据报道，尽管台当局在“防空识别区”的议题上态度趋于强硬，但之前却陆续有台湾方面将配合日本的报道，让“立委”张显耀相当不满，质疑台“外交部”有人乱放话。
杨进添强调，29日台“外交部”表达无法接受的态度才是正式立场，他承诺会彻查放话的人。
有日本媒体报道称，台日两方飞机不久前曾在与那国岛盘旋对峙。台军飞机甚至一度锁定日本海上自卫队飞机以示警告。
与那国岛上空存在台湾与日本“防空识别区重迭”的问题一直未解决。《读卖新闻》报道称，在与那国岛是否驻军问题被讨论得热烘烘的2009年7月，日本防卫大臣滨田靖一搭乘自卫队的U4飞机，从冲绳首府那霸飞抵与那国岛访问，这是防卫大臣第一次亲自到日本最西端国界视察。
当天上午7时，位于日本宫古岛上的自卫队雷达，立刻侦测到台湾北部的某空军基地有数架战斗机起飞，日本方面担心台湾空军的战斗机是针对日本防卫大臣的U4而来，也立刻从那霸基地派了两架F15战机前往护航。
两架F15先到与那国岛上空附近盘旋了几圈，确认台湾的军机没有接近日防卫大臣机的意图后，才返航回到那霸。
台日之间的防空识别区界线正画过与那国岛上空，这是双方军方战管的界线。航空自卫队干部说，台湾战机升空，可能是对日本想要在与那国岛驻军表达不高兴。但是因为与那国岛正好在东经123度的防空识别在线，日本也无法对台湾表示抗议。
与那国岛曾经向日本政府反应，要求变更防空识别区的设定，但是因为这是战后日本在美军占领下所设定，即使日本领土被划定在台湾的防空识别区内，日本政府无意修正。过去也曾有摩擦有关台日在与那国岛上空的的航空识别区问题，过去双方也曾经有过摩擦。1994年3月，台湾一架民间飞机在与那国岛附近遭遇到日本F4战机拦截，就差点擦出空中的火花。
这架台湾民间飞机接近东经123度的日本防空识别区。日方说，这架飞机的飞行路线，与台湾事前向日本照会的路线有异。
在冲绳（台称琉球）那霸的航空自卫队，透过电波试图与这架飞机联系，可是一直未获得答复，因此判断是不明飞机，两架F4幽灵战斗机因此起飞拦截，在东经123度30分，北纬28度的地点，从两面包夹，向台湾飞机警告。
台方的说法则是，民航机适用的台北飞航情报区是以东经124度以西为限，因此台民用飞机在123度30分的飞航，应该是合法的。
台日军方的防空识别区界线设在东经123度，而民航机的航管界线却在东经124度，在空域上重迭了一度，相当60里的距离，成为双方争执的主要原因。
发生摩擦的地区靠近“领土主权”有过争执的钓鱼岛群岛，日本方面担心与台湾发生的争执，如对台湾施加压力，会牵涉到与大陆的问题，因此当时防卫厅只表示“非常困扰，这是外交问题不予置评”。
日本方面还担心，过度在防控识别圈上对台湾施压，会造成已经亲共的马英九政府进一步携手中国的不利局面。