我是公司的法人，执照是我的但是我不是老板，（老板骗我说用我的执照不会出事）实际上的老板收了AA公司16万元跑了，过了2年，因为我大意还了5000元的支票，AA公司依据这张支票打官司赢了我，可是我根本没钱还，被冤枉要还16加利息，接近20W。我改怎么办呀，会坐牢吗，我还有2月大的孩子，要照顾。会坐牢吗，如果我去外地以后会有事吗，希望大家可以告诉我。
纠正你的一个错误，你不是法人，是法定代表人。你在法律上叫做自然人。
对于本案，必须弄清你是有限责任公司（我是说执照上的名称）。如果是，没关系，让公司破产好了。你不用赔一分钱。把公司现在所有的资产拢在一起，有多少赔多少就行了。这就叫有限责任。你在公司开办的时候投进去多少钱，赔多少钱。公司在经营过程中，增值的钱（也就是股本金加年度利润滚动）也要赔进去（已经分红的除外）。
如果你不幸，执照是个体照、合伙企业照（不是有限合伙人）、个人独资照等等。很抱歉，你就得赔进去个人资产。
这里又不是指全部的资产。而是你个人的、不会影响你基本生存的财产。法官不会把你这个月的生活费都判给对方还债。中国法官没那么狠，要把债务人逼死。
对你供养老人和孩子的费用也会扣除的。
所以你大可不必为生活太过担心。中华人民共和国的法律不是黑社会的行规，要讲理、讲情、讲人道。
还有，中国没有个人破产制度，这意味着你要用一生还这笔钱。谁叫你不小心，干买卖不学法呢！
以上说的都是你不利得一面。你也有机会翻身：
第一，如我上面说的，弄清企业性质。是不是有限公司或者有限责任公司。
第二，如果不是，一定找工商局自首，坦白自己非法出借营业执照的错误，争取以最少的罚款换取两样东西：一是证明自己是出借营业执照，而非实际经营的处罚决定书；二是证明实际经营的是自己的老板。在作出处罚时，工商局一定会找你老板取证，否则案件无法成立。
第三，有了这两样以后，交给你的债权人一份，争取他们的合作，让他们找你老板要钱。而不是你。相信你的债权人只要不傻，一定会找那个有钱的人还钱。而不是找你这个穷光蛋。
最后，祝你早日摆脱这个债务。同时希望你学一些法，尤其是有关企业经营方面的。如：公司法、税法、民法。最好找一些法学院商法专业的书籍看一下。免得以后在出现在这样的篓子。
还是去报案交由警方处理好
既然你是法人，你就要负责！你应该积极配合，搜集证据找实际上的老板算账！
你跑得了今天跑得了一辈子？
很麻烦！并且想跑是跑不了的－－跑只会让你更加麻烦！
除非你有证据证明你没有拿钱！
温馨提醒：打官司，关键的看证据！所以眼前你本应该考虑跑的问题，而是尽快收集证据以说明一切！
当初老板是以什么身份去AA公司拿钱的呢？这个对你很重要。
建议尽快咨询律师－－而不是在这里问，别延误时间啊！！！
（并且在律师的帮助下，尽快报警！）
你太相信人了！还是报警吧。
A公司必须找你算账；因为你是法人，你的公司骗取了A公司的钱。
你可以找你的经理算账。因为他骗取了你的信任，骗取了你的钱。
法院将把此事一分为二，给予处理。
只要是清白的，就不用怕，去报警先，让警方把你老板抓拿归案
报警！一方面让警察追捕你老板；另一方面，就大胆应诉，要求对方出示证据（签收条？银行记录？都有么？），从中找到漏洞，证明自己没问题。