相对于先秦儒学而言，董仲舒的思想体系有一个突出特征，就是以阴阳五行说、天人合一论为基础的表述框架，而以天人感应论为基本的宗教神学内涵。在早期儒家那里，系统的宇宙模式理论是不具备的，这使得儒家道德学说与礼乐制度的合理性缺少自然法则的支持。正是通过有意识地吸收道家解释自然与历史的宇宙法则，来建立儒学形而上的支持系统，董仲舒为儒家学说构建了完善的理论框架。
1、董仲舒对道家宇宙法则的承继
道家常籍天道以论治道，认为天道与人道、政道之间存在着类通的轨则和道理。《经法·道法》曰：“天地有恒常，万民有恒事，贵贱有恒立(位)，畜臣有恒道，使民有恒度。”进而主张让治道完全配合天道，《四度》曰：人君施政当“因天之生也以养生，……因天之杀也以伐死”，“动静参于天地”。承继这些观念，董仲舒主张圣主顺天行道。《汉书·董仲舒传》记贤良对策时提到“圣人法天而立道”。《春秋繁露》更一再强调“惟人道可以参天”，“圣人视天而行”，“圣人副天之所为以为政”。
在董仲舒看来，天“分为阴阳，判为四时，列为五行”(《阴阳终始》)，王者为政也必须与阴阳、四时、五行相配。《春秋繁露·天地阴阳》曰：“为人主者予夺生杀各当其义若四时，列官置吏必以其能若五行，好仁恶吏、仁德远刑若阴阳，此之谓能配天。天者其道长万物，而王者长人。人主之大，天地之参也；好恶之分，阴阳之理也；喜怒之发，寒暑之比也；官职之事，五行之义也……王者参天也。”自然界中阴阳的运用为君主处理人类社会中的阴阳事物提供了终极标准。《基义》曰：“君臣、父子、夫妇之义皆取诸阴阳之道。君为阳，臣为阴；父为阳，子为阴；夫为阳，妻为阴”。五行与四时相配，春生、夏长、秋收、冬藏的不同季节特性也为某一形式的统治提供了自然的类似物。《王道通三》曰：“明王正喜以当春，正怒以当秋，正乐以当夏，正哀以当冬，上下法此，以取天之道。春气爱，秋气严，夏气乐，冬气哀。爱气以生物，严气以成功，乐气以养生，哀气以丧终，天之志也。”这一理论基本上承自道家。道家曾经把天地间一切对等的现象与事物作了二分的归纳，而系之以阴、阳，并认为天属阳、地属阴，一切属阳的事物都该法天道，一切属阴的事物都该法地道。《称》曰：“天阳地阴，春阳秋阴，夏阳冬阴，昼阳夜阴。大国阳，小国阴；重国阳，轻国阴；有事阳而无事阴；信(伸)者阳而屈者阴；长阳少[阴]；贵[阳]贱阴；达阳穷阴；取(娶)妇姓(生)子阳。有丧阴；制人者阳，制于人者阴；客阳主人阴；师阳役阴；言阳黑(默)阴；予阳受阴。诸阳者法天，…··诸阴者法地。”
天人感应也是董仲舒儒学的基本理论架构，这一理论是建立在同类相动与天人相类之上的。《春秋繁露·同类相动》曰：“气同则会，声比则应，其验皦然也。试调琴瑟而错之，鼓其宫则他官应之，鼓其商而他商应之，五音比而自鸣，非有神，其数然也。美事召美类，恶事召恶类，类之相应而起也。”《人副天数》曰：“唯人独能偶天地，人有三百六十节，偶天之数也。形体骨肉，偶地之厚也。上有耳目聪明，日月之象也。体有空窍理脉，川谷之象也。心有哀乐喜怒，神气之类也。……天以终岁之数，成人之身，故小节三百六十六，副日数也。大节十二分，副月数也。内有五脏，副五行数也。外有四肢，副四时数也。乍视乍瞑，副昼夜也。乍刚乍柔，副冬夏也。乍乐乍哀，副阴阳也。”因为同类可以相动，而天与人又属同类，天人便自然相应了。故《同类相动》曰：“天有阴阳，人亦有阴阳；天地之阴气起，而人之阴气应之而起；人之阴气起，天地之阴气亦宜应之而起，其道一也。”《五行相生》曰：“帝王之将兴也，其美祥亦先见；其将亡也，妖孽亦先见。物故以类相召也。”天人感应过去多认为来自邹衍，但目前能见到的比较可靠的材料中，我们看不到任何有关邹衍谈论天人感应的痕迹，倒是道家著作中不乏相关论述。《淮南子·览冥训》“今夫调瑟者，叩宫官应，弹角角动，此同声相和者也”，这是讲的同类相动。《天文训》“孔窍肢体，皆通于天。天有九重，人亦有九窍。天有四时以制十二月，人亦有四肢以使十二节。天有十二月以制三百六十日，人亦有十二肢以使三百六十节”，这是讲的天人同类。《泰族训》“天之与人，有以相通也。故国危亡而天文变，世惑乱而虹霓见，万物有以相连，精祲有以相荡也”，这是讲的天人感应。
2、董仲舒对道家宇宙法则的推衍
董仲舒阴阳五行、天人感应的理论，基本上承自道家。但为了适应自己的需要，他也对之进行了创造性的改造与推衍，以与儒家的文化价值理路贯通。
道家崇尚阴阳和谐，《老子》曰：“万物负阴而抱阳，冲气以为和。”其阴阳概念只是对自然界抑或人类社会中矛盾现象的概括，并无高下之分。
