《后汉书》及《三国志》二书都说华佗年近百岁，但亦保持壮容，《后汉书》甚至说“时人以为仙”。
早年游学徐土，兼通数部经书。沛相陈圭曾经举他为孝廉，太尉黄琬也曾辟举他，但华佗都不为所动。在乡村行医，因医术精湛，名气渐大，因而有很多人到来求医。
曹操知道华佗医术了得，而自己又头风病严重，特意召其为待医。但当时“医”为一学问，非为职业，华佗本人又性格颇难称心，所以他被曹操召到左右，甚为不快、后悔；加上离家太久，思念家人，便说要回家取药方，向曹操请假。回家后，又不想回到曹操身边，便称妻子患病，过期不返。
曹操多次书信召回，又要求郡县遣回华佗，但华佗认为自己的医术能养活自己，所以不肯回去。曹操大怒，派人前去考察，发现华佗之妻原来是诈病，便将华佗收狱。荀彧向曹操求情，但曹操不从。华佗临死前，给了狱吏一卷医书，但狱吏怕犯罪不愿接受，华佗也不强求，将它烧了。后被杀。日后曹操最为疼爱的儿子曹冲重病时，曹操曾后悔当初不应该杀死华佗。
华佗有两名徒弟吴普与樊阿，颇得真传；樊阿更善于针术，以华佗所教的“漆叶青黏散”保身，年亦高达百多岁，而头发不白，但已失传。[1]
曹操为何要杀掉华佗呢？《三国演义》对此的解释可谓深入人心。在该书的第七十八回中，罗贯中详细地描写了曹操杀华佗的经过。
曹操为造建始殿，亲自挥剑砍伐跃龙祠前的梨树，得罪了梨树之神，当晚做了个噩梦，惊醒之后便得了头痛顽症，遍求良医，均不见效。
后来，华歆向曹操举荐了华佗，曹操立马差人星夜将华佗请来为他看病。华佗认为曹操头痛是因中风引起的，病根在脑袋中，不是服点汤药就能治好的，需要先饮“麻肺汤”(按：也就是人们所熟知的“麻沸散”，是华佗发明的一种麻醉剂)，然后用利斧砍开脑袋，取出“风涎”，才可能去掉病根。
多疑的曹操以为华佗是要借机杀他，为关羽报仇，于是命令左右将华佗收监拷问，致使一代神医屈死在狱中，而华佗所著的《青囊书》也因此失传。
华佗本为“士人”，入仕为官才是他的人生目标，从医仅是“业余爱好”。
在中国古代社会里，“万般皆下品，唯有读书高”和“学而优则仕”是众多读书人的信条。华佗所生活的东汉时期，社会上读书做官的热潮已经达到顶点，公卿大多数是熟悉经术者，汉顺帝时太学生多达3万人，学儒读经成为社会风尚，而医药技术虽为上至帝王、下至百姓所需，但却为士大夫所轻视，医生的社会地位不高，名医弃医从政的例子很多。这种社会风尚不能不对华佗有所影响。
据《三国志·魏书·方技传》记载，华佗年少时曾经在徐州一带游学，是个“兼通数经”的读书人。徐少锦的文章认为，同当时大多数读书人一样，入仕做官也是华佗的人生目标，从医只是他的“业余爱好”。
但是，该书还记载，沛国相陈珪荐举华佗为孝廉，太尉黄琬征辟他做官，他都不去。这又是为什么呢？
林振清在文章中指出，这可能有两个原因：一是华佗才气大，颇自负，认为陈珪、黄琬荐举的官职都不大，不肯为之。二是他已经迷恋上医学，不愿为此小官而抛弃所喜好的医学。鹿形
走上从医道路后，华佗深以为耻，经常后悔，时刻等待入仕为官的机遇。
《三国志》的作者陈寿在该书的《方技传》中写道，“然本作士人，以医见业，意常自悔”，一语道破了华佗走上从医道路以后的心态。在行医的过程中，华佗深深地感到医生地位的低下。他的医术是高明的，名气越来越大，前来请他看病的高官权贵越来越多。在跟这些高官权贵的接触过程中，华佗的失落感更加强烈，性格也变得乖戾了，难以与人相处，因此，范晔在《后汉书·方术列传》中毫不客气地说他“为人性恶，难得意”。在后悔和自责的同时，他在等待入仕为官的机遇的再度降临。
利用为曹操治病的机会，两度要挟，意图求取官爵。
曹操请华佗为他治疗“头风”顽症，华佗用针扎胭俞穴位，手到病除，效果很好，《三国志》对此的记载是，“佗针鬲，随手而差。”后来，随着政务和军务的日益繁忙，曹操的“头风”病加重了，于是，他想让华佗专门为他治疗“头风”病。华佗说：“此近难济，恒事攻治，可延岁月。”意思是说，你的病在短期内很难彻底治好，即使长期治疗，也只能苟延岁月。曹操的病果真那么严重了吗？
据中医界人士讲，“头风”病确实比较顽固，在古代的医疗条件下，想要彻底治愈确实很困难，华佗虽为神医，也未必有治愈的良策。但若说即使“恒事攻治”，也只能苟延岁月，死期将近，就未免危言耸听了，很明显有要挟的成分在内。
在文章中，林振清认为，华佗正是想利用为曹操治病的机会，以医术为手段，要挟曹操给他官爵。曹操后来说，“佗能愈此。小人养吾病，欲以自重”,意思是说，华佗能治好这病，他为我治病，想借此抬高自己的身价。这说明曹操当时是明白华佗的言外之意的。但是他并没有立即满足华佗的要求。
于是，华佗便以收到家书，想回家小住几天为借口，请假回家，到家后又托辞妻子有病，一直不回，对曹操进行再度要挟。曹操依照汉律，以“欺骗罪”和“不从征召罪”判处华佗死刑，华佗服罪伏诛。
据《三国志》记载，华佗回家后，曹操曾经多次写信催他回来，还曾命令郡县官员将华佗遣送回来，但是华佗还是不肯回来。
曹操大怒，派人前去查看，如果华佗的妻子果真病了，就赐给四十斛小豆，并放宽期限；如果华佗说谎，就拘捕押送他回来。于是华佗就被交付许县监狱，审讯后本人认罪。荀彧替华佗向曹操求情，曹操不理，将华佗给处死了。
华佗不但发明了“麻沸散”，还发明了五形戏
曹操杀华佗是不是一时意气用事呢？判处华佗死刑有法律依据吗？
曹操是当时著名的政治家，在历史上以“动以王法从事”著称。无论是理政还是治军乃至齐家、诫子，曹操都以汉律为基本准则。徐少锦在文章中指出，依照汉律的规定，华佗犯了两宗罪：一是欺骗罪，二是不从征召罪。主要是后者。汉律中有“大不敬”罪，对“亏礼废节”之犯者要处以重刑，《汉书·申屠嘉传》便载有人“通小臣，戏殿上，大不敬，当斩”的案例。“大不敬”的具体内容较多，其中“征召不到大不敬”适用于华佗所犯之罪华佗想给曹操开颅做手术，曹操以为华佗想谋杀他因为曹操以为华佗想谋害他，所以就杀他，曹操说过“宁我负天下人，天下人也不能复我，所以道理就很明白了！
