B-1B做长途奔袭时，可靠的导航和通信是必不可少的。B-1B使用了汉尼威尔公司的ASN-131雷达高度计，这是低空突防极其重要的一环。另外还采用了SingerKearfott公司的综合导航系统、TeledyneRyan公司的APN-218多普勒雷达速度计、洛克威尔?科林斯公司的ARN-118塔康战术导航系统和ARN-108自动降落系统。当然GPS是一定加装的。上述完善的导航手段使得B-1B能独立完成远距离的战略战术打击任务。通信设备包括ASC-19卫星通讯装置、洛克威尔?科林斯公司的ARC-190远距HF电台和ARC-171UHF无线电台、AlliedSignal公司KY-58保密语音通信装置和APX-101A敌我识别装置(IFFIdentificationFriendorFoe)。
冷战后B-1B还进行了常规作战能力的提高计划。1997年BlockC改进计划结束，B-1B由此获得了投掷集束炸弹的能力；1999年的BlockD计划增加了使用JDAM的能力，换装了全新的自卫系统和全新的带有GPS的导航、通信和攻击系统，并预留了在2003年加装AN/ALE-50拖曳诱饵系统的空间。计划中2002年完成的BlockE计划将增加使用JSOW(Joint Standoff Weapon，联合独立武器)和WCMD(Wind Compensated Munitions，风偏修正弹药)的能力。在2002年还计划开始以低速率逐渐展开JASSM(Joint Air to Surface Standoff Missiles，联合空地独立导弹)的装备计划。
2002年8月美空军B-1B轰炸机完成了两次BAE系统公司AN/ALE-55光纤拖拽诱饵装置(FOTD)的飞行试验。该诱饵(decoy)是海-空军联合集成防御电子对抗措施(IDECM)无线电频率干扰(RFCM)系统的一部分，旨在以拖曳诱饵欺骗敌方导弹。光纤理论上能在飞机后面布置几千米长，使用较为灵活。BAE系统公司IDECM工程和制造发展项目经理Nyilis称，当飞机觉察到一项雷达辐射的威胁时，在飞机上将该信息转换成光信息，通过光纤传输，再在诱饵装置内转换成干扰无线电辐射。FOTD试验还在海军F/A-18E/F和空军F-15上进行。今年在F/A-18E/F上已完成了9次试验，使用的是耐热管路，据称效果不错。F-15试验自2001年4月起就因为经费限制一直未进行，但有计划在2003年4月恢复试验。由于为其设计的FOTD与“超黄蜂”上的相同，因而可在F-18上试验。除了使用BAE系统公司的FOTD机外反对抗措施，IDECM还采用了ITT工业公司航电分部开发的机上无线电接收机。BAE系统公司称，整个系统旨在为目前和将来的RF导弹威胁提供电子战防御。
但同一时间，美国防部在政策调整中，确定将减少B-1B轰炸机的数量和基地数目，预计2003年10月1日完成。目前，堪萨斯州麦克康奈尔空军基地的第184轰炸机队的最后3架B-1B，调往了南达科他州埃尔斯沃思空军基地和得克萨斯州Dyess空军基地。最终美军将只保留后两个基地的B-1B部队。计划将停飞33架B-1B，其中8架将在各空军基地静态陈列。其余的24架运往航宇维护和再生中心，其中10架将存放于“封蔽仓库”，另14架拆卸成零部件，用以支持60架现役飞机。在2001年年中公布削减轰炸机机队计划时，计划人员估计，在其后的5年里可节省14亿美元，这些资金可用来升级保留的B-1B飞机。2004年5月，美军表示可能考虑在现役部队保留77架B-1B。
2003年的伊拉克战争中，B-1B表现突出。如4月8日，B-1B表现了作战灵活性，在收到巴格达某特定目标坐标之后的12分钟内，完成了将4颗908千克JDAM炸弹投向目标的行动。B-1B实际上只用了几分钟，就将地面传来的目标坐标装入JDAM炸弹的制导系统。从机动飞机，到进入攻击位置，并对这个目标实施轰炸总共只用了12分钟。
2003年5月，受B-1B轰炸机在阿富汗战争和伊拉克战争中突出表现的鼓舞，波音公司与空军共同提出计划进一步推动将12架计划退役的B-1B重新投入现役。波音认为，B-1B在战争中的杰出表现将改善B-1的长期升级计划，目前紧迫的问题是应重新调整B-1B机队的规模。目前空军战斗司令部可投入战斗的B-1B大约有36架，在伊拉克战争中就部署了24架。今年2月和3月大部分B-1军力结构都部署在前沿，导致训练和维修进度吃紧。上周，空军授予波音公司一项小合同，研究更换防御系统升级计划(DSUP)的备选方案。该DSUP在一连串昂贵的项目重组后，曾于去年12月被取消。波音的研究小组今年夏末将向空军报告他们考虑的备选方案，包括ALE-55光纤拖曳假目标，升级现有的ALQ-161系统和采用新兴技术等。另一个建议是在B-1B的一个承力点上加装外部导向目标吊舱，如在最近的战斗中由B-52机组人员验证的Litening II吊舱。该吊舱便于B-1B机组人员确认和通过激光指示新出现的目标，而不用依靠战斗机来完成这些任务。但资金并非是B-1B配备导向目标吊舱的唯一障碍，作为常规轰炸机，削减战略武器I号条约禁止在B-1B上安装外部承力点。所建议的进一步升级是为B-1B配备1英尺（0.3米）分辨率的雷达，取代其过去的10英尺分辨率系统，这种老系统不能将军用吉普车与校车区分开。
2003年11月，美国空军称B-1B轰炸机在爱德华兹空军基地的两次飞行期间，创造了该重量级飞机的大约50个世界速度记录。例如，在10月25日的飞行中，该飞机在100千米高度航线上，速度达到644英里/小时（1036.2千米/小时）；在500千米航线上，速度达到694英里（1117千米/小时）；在1000千米航线上飞行期间，速度达到685英里/小时（1102千米/小时）以及在15千米高度速度冲刺期间，速度达到679英里/小时（1093千米/小时）。
2004年7月，EDO公司表示总共获得了价值约2130万美元的合同，将负责对B-1B的AN/ALQ-161防御电子系统进行维护和升级。AN/ALQ-161电子对抗系统能够探测并识别敌军有威胁的发射装置，并可通过自动和操作人员手动对发射装置进行干扰。该系统的基本硬件结构是在20世纪80年代中期安装在轰炸机上的。从那时起，EDO公司对其软件进行了改进，旨在提高系统性能，降低作战成本。EDO公司目前从事的合同工作是将现有的软件移到一个现代化的处理器上，并对干扰过程进行测试。新的干扰技术将大大增强AN/ALQ-161系统的功能，并允许任务计划人员快速的重新改编系统程序以应对未来的威胁。EDO公司2004年的合同还包括提供与软、硬件升级有关的工程服务，以及对现有的操作系统提供维护和修理。
