牌坊上部树立着高高的十字架，十字架下为一只铜雕鸽子，鸽子边有太阳、月亮和星星;第4层中间的壁龛安置着耶稣铜像，两边分别刻有西方的百合花与东方的菊花图案浮雕，这与同期曰本的装饰图案在内容与形式上相一致，从一个侧面反映了日本文化在澳门的影响。
最为奇特的是牌坊的第3、4层左右两边都有中国传统的獅子雕像，与中国庙宇山门前左右对称放设的獅子形式颇为相似。在第3层正中是童贞圣母雕像，又有数位天使像和代表着中国的牡丹花和代表着曰本的菊花石刻围绕其旁，形象地刻划了包括日本在内的澳门教区的传教范围，这一层的左边刻有"永恒之泉"字样，一艘葡式帆船和一个面目挣狞的魔鬼形象，而右边则刻着一棵生命之树，边上有圣母双手合十站在一条尾巴很短的龙上，并有一行中文："圣母踏龙头"。第2层壁龛设有4位耶稣会圣人雕像，并有3面门，正面大门上刻有"天主圣母"的拉丁文字样，以下为坚实的花岗岩底座和原教堂的3扇进出大门,但现只剩下空荡荡的门框了。
大三巴牌坊于1991年进行过一次全面维修，现为澳门最著名的名胜古迹之凡来到澳门的游客，都要到这里参观游览。每逢周日和公众假日，在牌坊前还有学校表演团体演出的中国传统舞蹈节目供人观赏。