贝加尔湖位于俄罗斯东西伯利亚南部，坐落在一个很深的构造地带，四周高山围绕，有的山高出湖面2000米。
贝加尔湖的岸边有死火山遗址。地壳运动尚在继续，偶尔发生强烈地震。1862年的_次地震淹没了色楞格河三角洲北部约200平方公里的土地，使贝加尔湖出现了一个称为普罗瓦尔的新湾。地壳断裂处不断有新的热泉产生。
贝加尔湖的海豹正躺在岩石上懒懒地晒太阳湖底谷地两岸地形不对称，西岸为陡坡，东岸坡势较缓。8%的湖底很浅，只有50米深。曲折的湖岸线总长2100公里。东岸有一半岛伸入湖中，名圣角。湖中共有27个岛屿，最大的是奥尔洪岛，面积725平方公里。
湖区气候比周围地区温和得多。1~2月气候平均零下20。左右，湖面冰冻期5个月，5月解冻。表面水温在8月约为13°，湖水浅处达20°，浪高可达4.6米。湖水清澈，水深40米处清晰可见。矿物质和盐分含量很少。
贝加尔湖如今已被列入世界人类文化和自然保护名录。