大规模围垦、修堤和建坝等不合理人类活动与自然作用相叠加，正导致长江中下游绝大部分湖泊失去与长江的水力联系，水生态不断退化，生物多样性保护任务艰巨。这是《长江保护与发展报告2007》中披露的严峻局面。负责编写该报告的中科院南京地理与湖泊研究所所长杨桂山接受记者采访时指出：长江中下游江湖阻隔亟待疏通。
杨桂山指出，长江目前正面临着水资源、水灾害、水环境、水生态四大水问题困扰，突出表现在水资源利用程度不高，防洪减灾形势依然严峻，水质呈整体恶化趋势。其中，江湖阻隔导致生物多样性丧失的问题更是令人担忧。
长江中下游地区湖泊密布，历史上有大大小小1000多个湖泊均与长江自然连通，像江苏境内的固城湖、太湖都曾经与长江相通，形成了自然的江湖复合生态系统。湖泊阻隔在一定历史时期对稳定湖泊水位、减轻湖区防洪压力、控制湖区血吸虫疾病和改善湖泊围垦养殖条件等起到了重要作用。然而近几十年来，由于大规模围垦、修堤和建坝等不合理人类活动，导致长江中下游绝大部分湖泊被人为阻隔，失去了与长江的水力联系。目前大湖中仅存洞庭湖、鄱阳湖和石臼湖与长江息息相通。但随着社会经济的发展，其负面影响日益凸显。杨桂山用“捡了芝麻，丢了西瓜”来形容其后果，如湖泊水流不畅、淤积加重、面积萎缩，调蓄洪水能力下降；水质恶化、沼泽化和富营养化加剧；天然鱼类等水生生物资源衰退等。
目前，长江流域生物多样性明显丧失，例如，国宝白鳍豚难觅踪迹，长江鲥鱼多年不见，中华鲟、白鲟数量急剧减少，岩原鲤、长身鳅等10多种鱼类已列入濒危品种。长江流域天然捕捞产量从1954年42.7万吨下降到眼下不到10万吨，绝大部分捕捞品种都已不能形成渔汛。水生态和生物多样性的保护刻不容缓。
长江沿江地区不仅是我国生产力布局的主轴线之一，而且在未来15－20年还有望成为世界内河规模最大的产业带。杨桂山强调，为了实现长江流域的可持续发展，需建立新型的流域综合管理体制与机制，实施捆绑式管理以消除条块分割的局面，规范空间开发秩序，协调经济快速发展与资源环境保护之间的矛盾。
杨桂山建议，依据长江各区段生态服务功能价值与经济社会基础，可合理划分生态－经济功能区，对江河源头区、重要水源地、渔业水域及珍稀濒危水生野生动物密集分布区、天然湿地等实施有效保护。同时，应通过财政转移支付、生态补偿等措施，统筹协调上下游各区段之间的关系。像日本在生态补偿方面就有不少行之有效的做法，值得我们借鉴。
对于恢复江湖生态系统的完整性，杨桂山提出，需要逐步恢复阻隔湖泊与长江的水文与生态联系，使这些湖泊重新与长江挽起手来。最理想的状态首推全面疏通，彻底勾连；其次是修建“生物通道”，实施闸口的生态调度，让珍稀鱼类在繁殖季节能够自由往来于长江与周边湖泊；另外，湖泊水质不好的时候也可以临时进行引江冲污，像南京玄武湖就曾采用此方法。实现江湖连通，可恢复湖泊湿地的自然生态特征，发挥其洪水调蓄、水质净化、生物多样性维系等功能，减少流域洪灾风险，减缓湖泊富营养化进程。
此外，还应重视流域基础信息资源的实时获取、共享与发布，形成公开透明的社会监督氛围，让更多的人都来关注母亲河的点滴变化，以维护其健康，真正实现人水和谐。
