最常见的调经后遗症就是月经周期大乱及月经照常来潮。其发生的原因有两种：
（1）医师未完全掌握患者的月经周期，便贸然进行调整。我们所做的调整最好是将黄体素从高浓度瞬间降至低浓度的状态，让患者月经来潮。不过，有些人的月经周期不规则，医师若按照正常调法，在排卵期之前使用黄体素，刚好此阶段是黄体素逐渐升高的时期，月经自然就不会来了。
（2）有些人的吸收能力较差，地某种黄体素无法吸收，大部分在肠胃道便被排除出去，所以在血液中无法维持较高的浓度的黄体素，反而造成较低的浓度。有些人则是本身的黄体素较高，当给予的剂量不足或患者本身吸收不良时，调经便会无效。
调经方式若与女性荷尔蒙的规律一致，下一次的月经周期应与此次的月经周期不会有太大差异。因为女性荷尔蒙的分泌是靠着子宫内膜与卵巢本身分泌的荷尔蒙，刺激脑下垂体，决定下一次的月经周期。所以我们若能依照生理周期调整，下一次的月经周期应与原本的月经周期大致相同。
其他的调经后遗症就比较少见了，例如月经来潮的天数延长，或一直有不正常的出血。若发生这种情况，必须再找医师重新调整。
