生物软件选择与使用指南
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品牌: 李军 等
基本信息·出版社：化学工业出版社
·页码：249 页
·出版日期：2008年
·ISBN：9787122023179
·条形码：9787122023179
·包装版本：1版
·装帧：平装
·开本：16
·正文语种：中文
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内容简介《生物软件选择与使用指南》主要内容包括：生物软件选择指南、综合序列分析、用BLAST进行序列相似形搜索、用Clustal（X/W）进行多序列比对、进化树构建、序列格式转换、序列信息递交、引物设计、质粒绘图、用ANTHEPROT进行蛋白质序列分析、用同源建模服务器SWISS-MODEL进行蛋白质三维结构预测、蛋白质结构比对、用RasMol/PyMOL/Swiss-PdbViewer/进行生物分析三维结构显示和分析、计算机辅助基因识别、计算机辅助疫苗设计。
编辑推荐《生物软件选择与使用指南》：核酸和蛋白质的序列分析已经成为生命科学工作者必须具备的基本技能。研究者必须能够熟练地使用相关生物软件并结合数据库进行工作。自20世纪90年代中期以来，国内陆续引进并翻译了一些国外的生物信息学著作，国内学者也创作出版了一些生物信息学专著与教材，这些书对相关数据库均作了较为详细的介绍，而对所涉及的软件工具则介绍得甚为简略，对广大读者难以起到实际的指导作用。鉴于这种情况，笔者搜集整理了大量的免费软件资源及少数应用广泛的商业软件，分门别类，列举典型实例进行详细讲解，便于读者快速掌握并熟练使用这些软件。本书读者应具备基本的数据库查询与使用的技能，如需要了解这方面的知识可参阅有关书籍。
目录
第一章 生物软件选择指南
第二章 综合序列分析
第三章 用BLAST进行序列相似形搜索
第四章 用Clustal（X/W）进行多序列比对
第五章 进化树构建
第六章 序列格式转换
第七章 序列信息递交
第八章 引物设计
第九章 质粒绘图
第十章 用ANTHEPROT进行蛋白质序列分析
第十一章 用同源建模服务器SWISS-MODEL进行蛋白质三维结构预测
第十二章 蛋白质结构比对
第十三章 用RasMol/PyMOL/Swiss-PdbViewer/进行生物分析三维结构显示和分析
第十四章 计算机辅助基因识别
第十五章 计算机辅助疫苗设计
……[看更多目录]
文摘第3章 用BLAST进行序列相似性搜索
3．1 引言
如今随着互联网及各种数据库的发展，对一个序列的相似性搜索可以在任何一台接入互联网的计算机上进行，并可通过E．mail、Html超文本或专门下载的格式文本来获得最后的搜索结果。在这个意义上，基本上再没有比做两两序列的比对更容易的事情了。你所要做的只不过是准备好你的查询序列，然后点击搜索按钮即可。然而，在实际应用中，人们仍然需要做好更充分的准备以获得最大可能的信息量。
问题l：究竟是该用BLAST还是FASTA?
一般评估数据库搜寻程序是从灵敏度(sensitivity)、选择性(selectivity)与速度(speed)三方面来讨论。灵敏度不够，就会误将有亲缘关系的序列判断为噪声；而选择性太低则会误将不相干的特性，例如序列组成上的相似性或疏水性等特性判断为有亲缘关系。在目前序列信息不断膨胀的情形下，不管BALST程序还是FASTA程序都是在准确性(包含了灵敏度与选择性)与速度间求取一个最佳的平衡点。并且这两套程序都用各自的计算方法来判断最后程序所采用的真伪。一般而言，初学者没有必要学习所有的方法，而应集中力量搞清楚其中一个程序所采用的计算原理和结果分析，一旦彻底弄懂了原理，以后再学不同的方法就容易多了。总的而言，对于BLAST和FASTA程序的选择，更多是基于个人的习惯和偏好。
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