元朝未能有效應對明朝的崛起，主要原因在於其內部矛盾和外部威脅的雙重壓力。
首先，元朝末期，內部矛盾重重，統治者重傜賦役，導致民間疾苦，反抗活動頻繁。朱元璋領導的起義軍逐漸壯大，最終推翻了元朝的統治。元朝的衰落使得其無法集中力量應對明朝的崛起。
其次，元朝末代皇帝元順帝在明朝軍隊攻占大都後並未被俘或被殺，而是逃往北方草原，繼續以「北元」的名義統治。這使得元朝實際上並未完全滅亡，而是以北元的形式繼續存在，並與明朝形成了長期的軍事對峙。
此外，元朝的疆域廣闊，管理難度大，加上其內部政治、經濟和軍事上的問題，使得其難以有效應對新興的明朝威脅。明朝建立後，雖然一度占領了元大都，但未能徹底消滅北元勢力，北元與明朝之間的鬥爭持續了200多年。
綜上所述，元朝未能有效應對明朝的崛起，主要是由於其內部矛盾、外部威脅以及管理上的困難所致。