元朝未能有效应对明朝的崛起，主要原因在于其内部矛盾和外部威胁的双重压力。
首先，元朝末期，内部矛盾重重，统治者重傜赋役，导致民间疾苦，反抗活动频繁。朱元璋领导的起义军逐渐壮大，最终推翻了元朝的统治。元朝的衰落使得其无法集中力量应对明朝的崛起。
其次，元朝末代皇帝元顺帝在明朝军队攻占大都后并未被俘或被杀，而是逃往北方草原，继续以“北元”的名义统治。这使得元朝实际上并未完全灭亡，而是以北元的形式继续存在，并与明朝形成了长期的军事对峙。
此外，元朝的疆域广阔，管理难度大，加上其内部政治、经济和军事上的问题，使得其难以有效应对新兴的明朝威胁。明朝建立后，虽然一度占领了元大都，但未能彻底消灭北元势力，北元与明朝之间的斗争持续了200多年。
综上所述，元朝未能有效应对明朝的崛起，主要是由于其内部矛盾、外部威胁以及管理上的困难所致。