法院判定北京三七二一科技有限公司立即停止以“3721网络实名”软件阻碍百度在线网络技术(北京)有限公司“百度搜霸”软件正常下载、安装和运行的涉案不正当竞争行为，同时判定三七二一科技有限公司赔偿百度在线网络技术(北京)有限公司为诉讼支出的合理费用五千元，驳回百度公司主张三七二一公司赔偿侵犯著作权和不正当竞争所带来的经济损失100万元以及驳回百度主张三七二一对其赔礼道歉的上诉请求。但是法院撤销了一审北京三七二一科技有限公司不得妨碍“百度搜霸”软件以点击鼠标左键的方式正常安装运行的判决(二审法院认为，一审判决在此项判决表述上存在问题，并未涵盖妨碍“百度搜霸”软件正常下载、安装和运行的不正当竞争行为，在二审判决中予以纠正。)，同时驳回百度在线网络技术(北京)有限公司的其他诉讼请求。
法院在民事判决书中进一步说明，百度公司主张三七二一公司侵犯了其对“百度搜霸”软件所享有的著作权，并要求其承担停止侵权、赔礼道歉及赔偿经济损失的法律责任，由于依据不足，法院不予以支持。