随着电子支付市场的迅猛增长，资金安全问题也引起了两会委员代表的注意，全国人大代表、浙江纺织服装职业技术学院院长王梅珍和全国政协委员、招行银行行长等表均认为，虽然主流电子支付机构有实力并能够自觉保证用户资金安全和切身利益，但一些中小电子支付机构可能存在的安全隐患也不容忽视。
王梅珍在《关于加大对电子支付行业政策支持的议案》中表示，与电子商务的其他环节相比，电子支付由于涉及到金融体系，涉及到资金安全，是更需要国家从法规和政策方面予以认可、规范和支持的。一些中小电子支付机构可能存在一定安全隐患，比如缺乏必要的技术实力，缺乏风险控制能力及经验，甚至滥用客户交易保证金等，也必须引起高度关注。
马蔚华则在提案中建议，应制定明确的第三方支付平台牌照发放制度。他表示，2008年中国第三方支付市场的竞争逐步升级，建立牌照发放制度，使不达标的中小支付企业自动退出市场，通过牌照发放，为支付行业建立准入制度，逐渐步入规范经营的阶段，有利于该行业长远的发展。另外，监管部门还应尽早出台《支付清算组织管理办法》等规范第三方支付平台经营行为的相关法律法规，规范业务范围，消除“灰色地带”。