软件著作权，作为一种法律创设的权利，有着不同于传统物权的特殊交易规则。
解案
软件产品转让≠软件著作权转让
软件产品是一种有形物。一份完整的软件产品包括源程序、目标程序以及程序设计说明书、流程图、用户手册等文档。软件著作权是对软件产品享有的复制、发行、出租等权利。软件产品是软件著作权的客体。
软件著作权和软件产品均可成为转让合同的标的，但是软件著作权转让合同和软件产品转让合同产生的法律效果完全不同。软件著作权转让合同的受让人，在软件著作权转让条件成就时，代替转让人成为新的软件著作权人，享有自行或许可他人复制、发行、出租软件的权利。而软件产品转让合同的受让方，仅在取得软件产品后，享有使用该软件的权利，而不得复制、发行或以其他方式利用该软件。
在签订软件著作权转让合同时，必须写明转让标的为软件著作权。在上述案例中，A公司意在与B公司签署一份软件著作权转让合同，但实际上签署的仅是一份软件产品(包括程序源码、程序文档和使用说明书)转让合同。该合同不能产生软件著作权转让的法律效果。
著作权登记证书持有人≠著作权人
如世界上许多国家一样，中国实行软件著作权自愿登记制度。软件著作权登记证书是软件著作权权属的初步证据。在无相反证据的情况下，软件著作权登记证书显示的权利人应被视为软件著作权人。
在软件著作权转让时，通常约定转让人应协助受让人办理软件著作权转让登记，将登记证书上的软件著作权人变更为受认人。但是，在无软件著作权转让的情况下，单纯软件著作权登记证书的转让除发生软件著作权登记证所有权的转移外，对软件著作权是否转让不会产生任何影响。
在上述案例中，A公司持有了B公司的软件登记证书，但A公司并不能因持有该证书而成为B公司软件的著作权人。因此，A公司无法要求B公司协助其办理软件著作权转让登记。
案件回放
A公司与B公司约定A公司收购B公司，收购范围包括软件著作权证书、程序源码、程序文档、使用说明书，以及B公司名下除一部汽车外的所有固定资产。收购款为人民币200万元整。在签订协议后，B公司向A公司交付了上述约定内容，A公司也向B公司支付了收购款项。但当A公司要求B公司协助办理收购软件著作权登记时，遭到了B公司的拒绝，并提出B公司并未向A公司转让软件著作权。