崇帧帝自缢殉国后，福王朱由崧在南京重新组建了南明新朝廷。新朝廷深知吴三桂手握重兵，举足轻重，因而遣特使前往绛州，欲封吴三桂为蓟国公，并从海路运米三十万担、银五万两犒劳吴军。不料吴三桂因已受封于清廷，不肯再接受南明皇朝的这一套，他已经决定彻底归附于满清手下了。陈圆圆曾起心劝吴三桂弃清返明，以尽忠义之道，可惜吴三桂已是执迷不悟，一门心思地混下去了。
清顺治二年，吴三桂继续协助清兵西讨，由山西渡黄河入潼关，攻克西安，将李自成的力量彻底消灭。随后，他又风尘仆仆，东征西伐，为清廷统一中国立下了汗马功劳。最后他为清廷拿下了西南一带，将最后一个南明小朝廷——永历皇朝赶往缅甸，清廷诏令他坐镇云南，总管西南军民事宜。此时已是顺治十四年，吴三桂可以说是功成名就，他将五华山的永历皇宫重加修茸，建成了平西王府，踌躇满志地经略所辖领地，俨然就是西南边地的土皇帝。
在吴三桂戎马倥偬的那些年里，陈圆圆紧随其左右，为他消愁增乐，简直成了他的精神支柱。可是在政途选择上，吴三桂并不听从陈圆圆的劝导，不惜将曾是自己君主的大明皇朝置之死地，使大江南北掀起滚滚硝烟，陈圆圆默默看着这一切，不免黯然神伤。在昆明稳定下来后，吴三桂冠冕堂皇地以王爷自居，并提出封陈圆圆为平西王妃， 不料陈圆圆却不肯接受，她提出：“妾出身卑微，德薄才浅，能蒙将军垂爱已属万幸，实在不配贵为王妃，宁愿作侍妾追随将军左右！”陈圆圆此举着实令吴三桂费解，别的女人不惜争风吃醋为的就是一个名位，她竟然把送上门的恩惠拱手推出。
为何陈圆圆会做出这样不可理喻的事来呢？且看她此时写的一阕“丑奴儿令”：
满溪绿涨春将去，马踏星沙，雨打梨花，又有香风透碧纱。
声声羌笛吹杨柳，月映官街，懒赋梅花，帘里人儿学唤茶。
词中所绘并非眼前之景，而是此时之情，满怀落寞消沉，便是陈圆圆这时的心境。经历了十几年的坎坎坷坷，惯看了人世间的沉浮起落，生生死死晃如过眼烟云，她对一切都已看淡。何况她也明白，为了自己吴三桂不惜引外族入关，毁灭大顺王朝，背弃朝廷及家人，落下了重重罪名，这一切虽然谈不上是她的过错，可毕竟与她有关，让她自感罪孽深重，哪里还有什么心思去作王妃。
顺治十八年，吴三桂以兵势从缅甸索回了永历皇帝，陈圆圆认为这是拥明复清的好时机，连忙力劝吴三桂趁此机会推出水历帝，对清廷反戈一击，深切地说：“如此可成不世之功！”然而吴三桂却不想放弃到手的权位重新立马横刀，仍然将永历帝绞杀了。天下人为之大失所望，陈圆圆更是心灰意冷，深感已到万劫难复的地步；于是脱下华服霞帔，隐入净修庵中，日夜与古经为伴，不再为凡尘世事而烦心，吴三桂也对她的选择无可奈何。
一个和古代绝大多数女性命运相同的女子，所作所为只是身不由已！
陈圆圆本为昆山歌妓，曾寓居过秦淮，由于她色艺超群，更与重大历史事件相系，所以清人便将她列入了“秦淮八艳”之中，并说她是“前朝金陵倡家女”。
陈圆圆原姓邢，名沅，字圆圆，又字畹芳，幼从养母陈氏，故改姓陈。她殊色秀容，花明雪艳，能歌善舞，色艺冠时。
崇祯末年，李自成的农民起义军威震朝廷，崇祯帝日夜不安。外戚嘉定伯周奎欲给帝寻求绝色美女，以舒解皇帝的忧虑之心，遂遗田妃的哥哥田畹下江南觅艳。田畹寻得陈圆圆后，被其姿色醉迷，遂私下占为己有。
不久李自成的队伍逼近京师，崇祯帝急召吴三桂镇山海关。田畹对农民起义军整日忧心惶惶，便设盛筵为吴三桂饯行，圆圆率歌队进厅堂表演。吴三桂见圆圆后，神驰心荡，高兴得搂着圆圆陪酒。酒过三巡警报突起，田畹恐惶地上前对吴曰：“寇至，将若何？”吴三桂说：“能以圆圆见赠，吾首先保护君家无恙。”未等田畹回答，吴三桂即带圆圆拜辞。
吴三桂在其督理御营的父亲劝说下，将圆圆留在京城府中，以防同行招惹是非让皇帝知道。
李自成打进北京后，吴三桂的父亲投降了起义军，陈圆圆被李之部下所掠。当吴三桂答应投降李自成时，闻圆圆已被李之部将所占，冲冠大怒，高叫“大丈夫不能自保其室何生为？”遂投降了清军与农民军开战。这就是吴梅村在《圆圆曲》中所曰：“恸哭六军俱缟素，冲冠一怒为红颜”。
李自成战败后，将吴之父及家中38口全部杀死，然后弃京出走。吴三桂抱着杀父夺妻之仇，昼夜追杀农民军到山西。此时吴的部将在京城搜寻到陈圆圆，飞骑传送，自引吴三桂带着陈圆圆由秦入蜀，然后独占云南。
顺治中，吴氏进爵云南王，欲将圆圆立为正妃，圆圆托故辞退，吴三桂别娶。不想所娶正妃悍妒，对吴的爱姬多加陷害冤杀，圆圆遂独居别院。圆圆失宠后对吴渐渐离心，吴曾阴谋杀她，圆圆得悉后，遂乞削发为尼，从此在五华山华国寺长斋绣佛。
后来吴三桂在云南宣布独立，康熙帝出兵云南，1681年冬昆明城破，吴三桂死后，陈圆圆亦自沉于寺外莲花池，死后葬于池侧。直至清末，寺中还藏有陈圆圆小影二帧，池畔留有石刻诗。
