秋季水温适宜，是鱼生长旺季。秋季鱼种管理应抓好清塘、分养、稀放、投饵、巡池五项工作。
一、清塘。将鱼种转入经过清塘消毒的池塘进行培育。水源和鱼塘周转有困难的地方，可将鱼种全部转出暂养，再对原塘每亩用生石灰75—100公斤消毒，并按常规方法进行水质培肥，待药性消失后再将鱼种转回。
二、分养。将鱼种按不同规格调整分养，做到同池所放鱼种规格一致。由于规格大的鱼种食量大，抢食力强，如同时放有小规格鱼种，则小鱼会因得不到足够饲料而体质下降。16厘米以上的鱼种，可投放成鱼池套养，偏小鱼种需专池培育。
三、稀放。秋季育出规格较大鱼种，是提高鱼越冬成活率的重要一环。应根据水面大小、水深等条件合理稀放，促进鱼种生长。水深1.5米的池塘，亩放7—8厘米鱼种4000—6000尾，饲养到年底体长可达13—17厘米。
四、投饵。秋季气候稳定，水温昼夜变化小，鱼种摄食量大，生长迅速，必须保证饲料供应。在以食草鱼种为主，搭配鲢、鳙鱼的鱼种池，应以投青饲料为主，适当投喂精料。每天每万尾草鱼种投喂小浮萍1.5—2.5公斤。先投青饲料，后投精饲料，以避免草鱼与其它鱼争食。投饵要做到保质、定量、定时、定位。对混养的鲢、鳙鱼需定期施肥，每10一15天施肥一次，每亩施经过发酵的人畜粪70—90公斤。池水透明度保持在30—35厘米。以鲢、鳙鱼种为主，搭配草鱼的鱼种池，应以施肥为主，投饵为辅。除施基肥外，每隔5—10天施追肥一次，每亩施腐熟人畜粪80—100公斤。同时，每天每万尾鱼种投精料2—4公斤，对搭配的草鱼，在投精饲料前每万尾草鱼投青饲料60—90公斤。
五、巡池。鱼种培育期间要坚持每天巡池，观察鱼的摄食与生活情况，勤换新水，每周加换新水一次。食场要经常清扫，及时捞除残渣剩饵，每半月在食场周围用漂白粉o.5公斤加水泼洒，定期投喂药饵，最好每月两次，每次连续喂3天。发现病鱼、死鱼及时捞出深埋，同时进行诊断，给予药物治疗。