一般来说，诊断尿路感染必须以细菌定量培养阳性为依据。如果反复定量培养都是阴性，则可认为无活动性尿路感染的存在。但对尿细菌培养的结果，也应结合临床表现来判断。尿细菌培养的假阳性和假阴性的现象在临床上并不少见。
由于各种各样的原因，如中段尿标本收集不合无菌操作标准，或超过1小时才接种，或接种技术错误等，细菌定量培养可能出现假阳性的结果。有人认为，对无症状菌尿者，1次中段尿定量细菌培养结果阳性，其准确率只有85%，2次阳性且为同一菌种，则其准确率可达95% 。
此外，部分尿路感染患者，其尿细菌定量培养可能为假阴性。其原因主要有以下几点：①患者在最近2周内使用过抗菌药物。②尿在膀胱内停留时间短，不足6小时，细菌没有足够的时间繁殖。这在有尿频、尿急症状的患者中较为明显。③饮水太多，稀释了菌尿。④细菌感染病灶与尿路不通。如在血行性肾盂肾炎的早期或尿路梗阻时，病人有明显尿路感染症状，但尿细菌培养阴性。⑤尿路感染的排菌可呈间隙性，如慢性肾盂肾炎没有急性症状时，有些病人的尿细菌培养可为阴性，但在急性发作时，尿细菌培养则常为阳性。⑥L型变态细菌只能在高渗培养基内生长，一般培养基不能培养出来。有人估计，肾盂肾炎患者尿细菌培养阴性者，大约20%与L型变态细菌有关。
综上所述，对尿细菌培养结果应结合临床表现予以判断，有时还需反复多次进行培养。