尿液细菌培养除了上述普通的方法外，还有几种特殊的培养方法。
(1)高渗培养 长期使用抗生素、溶菌酶或体内补体作用等因素，常使细菌的细胞壁损伤、缺失、变异为L型菌，需要在高渗培养基中进行培养。培养基含有15%蔗糖或5%氯化钠时细菌才能繁殖。见于肾盂肾炎、菌血症患者恢复期或复发期。
(2)结核杆菌培养 培养方法是留清晨尿，以3000rpm离心，在沉渣中加入4%硫酸或2%氢氧化钠，20分钟后去除杂菌，中和后接种于罗氏培养基中，4～8周报告结果。
(3)真菌培养 病人若长期使用广谱抗生素或激素，往往继发真菌感染(如酵母类白色念珠菌或新型隐球菌)。将此类病人的尿液接种于沙保罗培养基中，置于37℃或室温，培养5天进行观察。