月季的杂交育种应当用5月份开出的第一批花做材料，进行去雄、套袋、收采花粉和授粉。有些品种的果实到7月中旬即开始变红成熟，果顶开劈，应及时采收脱粒，晒干后贮藏，大部分果实则在10月份才能成熟。
月季的雄蕊数量很多，花丝纤细，花药呈两唇状，灰褐色，密密麻麻地挤在雄蕊的周围。它们的特点是花粉粒不附着在花药上，花瓣全部展开后，在一天之内花药就能全部成熟，随着裂开，如果空气干燥，花粉粒会自动弹出而落在花瓣上。因此要想采到花粉，必须在花药裂开前把它们拔下来放在一个容器内，等它们裂开散出花粉后再进行人工授粉，不能拿花药在柱头上涂抹。
采粉前需事先准备一些小纸袋，在父本的花瓣展开后，立即把花药拔下来，随着放人纸袋内，并在袋上写上父本的名称和采粉时间。为了促使花药尽快裂开而散出花粉，有经验的育种工作者都把纸袋装入裤兜内，用人的体温来加速花药成熟而散出花粉。上午采集的花药，至下午4～5点会全部散出花粉，这时应将纸袋放人装有氯化钙的干燥瓶内，再放人冰箱的下层在5～IO℃的低温下进行贮存，再根据母本柱头的成熟情况，随时取出授粉。天热时取下的花药应及时放入冰箱贮存。
雄蕊柱头比雄蕊成熟晚，待柱头上刚刚分泌出亮晶的粘液时应立即授粉，用毛笔尖沾上花粉粒细心地在柱头上涂抹，2天内共涂抹3～4次即可受孕。 脱粒后的杂交种子应以每个果实内的种子为一个单位，先缝入小布袋内，再用湿沙将小布袋埋入花盆内沙藏一冬，保持一5℃～O℃的低温，来年3月中下旬分别插入小花盆内，切勿使杂交组合之间紊乱。
经过沙藏的种子发芽快，出苗整齐，有些当年即可开花在同一杂交组合中，其花型并不完全一样，经常出现畸形花瓤，性状极不稳定，因此对第一代杂种实生苗先不要选择和淘汰，在花蕾开放前进行套袋，让它们自花授粉而取第二代杂交种子继续播种。等第二代杂交种子成株后，首先淘汰那些没有观赏价值的个体，再认真鉴别和比较，从中选出既有母本优良性状又具有父本优良性状的个体，待它们的性状稳定不变后，再用扦插或嫁接方法进行无性繁殖，如果营养苗不向坏的方面转化即可命名和推广了。通过杂交来培育月季新品种至少需要6年以上的时间才能实现。