（1）出证的机关不同
合同鉴证机关，是我国各级工商行政管理机关。公证机关是司法行政机关下属的公证处。
（2）出证的性质不同
对合进行鉴证，是一种行政管理制度，属于行政监督措施。
公证，则一种司法制度，属司法性质。
（3）证明的范围不同
鉴证，只适用于合同。对合同的有效性和合法性的一种证明。而公证，则对法律行为、有法律意义的文书和事实的合法性都可以进行证明。
（4）出证的方式不同
鉴证明，鉴证人应在原合同文本上签属鉴证意见，并签名和加盖工商行政管理局合同鉴证章，同时发给当事人鉴证通知书。而公证时，公证人员应按统一的格式出具公证书，不能在原合同文书上签字盖章。
（5）法律效力不同
经过鉴证的合同，如果一方违约，当事人可向原鉴证机关申请调解或按约定去仲裁；也可以发生纠纷直接向人民法院诉讼。经过鉴证的合同不能作为申请法院强制执行的依据。而且，只能在我国行政区域内具有法律约束力。
经过公证的合同，如果一方不履行时，当事人可以向公证处申请，公证处认为真实、合法，而且具备了一定条件，则可证明此合同有强制执行的效力，当事人可向有管辖权的人民法院申请执行。经过公证的合同，同时具有域内域外的法律效力。