黄河,汇入的主要支流右岸有 : 毛不浪沟、卜尔色太沟、黑赖沟、罕台川、哈什拉川、母化河、虎尔斯太沟及都思免河、皇甫川等。左岸有 : 五当沟、水涧沟、麦达沟、万家沟、水磨沟、哈拉沁沟及昆都仑河、大黑河、浑河等
额尔古纳河,其上源称海拉尔河 , 发源于大兴安岭西侧的吉鲁契那山 , 主流自东而西 , 横贯呼伦贝尔草原北部 , 中途接纳了北岸的库都尔河、特尼河、 莫日格勒河、南岸的免渡河和伊敏河等支流。流至嵯岗西 , 忽而折向东北流经中俄边界 , 至大司洛夫卡河 , 这一段称额尔古纳河。主要支流有根河、得尔布尔河、莫尔道嘎河、激流河、乌玛河等。
嫩江,它发源于大兴安岭支脉伊勒呼里山的南坡、由北蜿蜒向南 , 流经自治区东北部边界 , 注入松花江。嫩江右岸支流密布 , 自北而南有根河、南瓮河、罕诺河、古里库河、那都里河、多布库尔河、欧肯河、甘河、诺敏河、阿伦河、音河、雅鲁河、济沁河、罕达罕河、绰尔河、洮尔河等。这些支流的流向大致与大兴安岭走向成直角 , 注入嫩江。大支流中下游地区 , 地形广阔平缓 , 土质肥沃 , 灌溉便利 , 成为著名的产粮区
西辽河。其上游老哈河从西南流向东北 , 至苏家堡附近与另一条上游西拉木伦河汇合 , 称为西辽河。河长 814 公里 , 中途南北侧分别接纳了教来河和乌力吉木伦河 , 流向大致呈直线自西向东横贯科尔沁草原 , 哺育着这块良田沃野。