(1)痔：直肠癌常被误为痔，一般内痔多为无痛性出血，色鲜不与大便相混，而肠癌患者的便血常伴有粘液和直肠刺激症状，直肠指检和乙状结肠镜检可资鉴别。
(2)阿米巴肠炎：当病变演变成慢性期，溃疡基底部肉芽组织增生及周围纤维增生，使肠壁增厚，肠腔狭窄，易被误诊为癌肿，此时须作活检。
(3)肠结核：发病年龄较轻，既往多有其他器官结核史，好发于回盲部。但增生性肠结核，由于大量结核性肉芽肿和纤维组织增生，使肠壁变厚、变硬，易与盲肠癌混淆，须作病理活检才能明确诊断，x线钡餐检查，可发现病灶处的激惹现象或跳跃现象，对诊断有帮助。
(4)局限性肠炎：好发于青年，常见有腹痛、腹泻、发热、消瘦、贫血、食欲减退、恶心、呕吐、腹块及瘘管形成等症状和体征，经x线钡餐和纤维结肠镜可以鉴别。
(5)慢性菌痢：患者可表现腹痛、腹泻、少有脓血便，轻度里急后重，经大便培养，钡灌肠及内窥镜检查，不难作出诊断。
(6)溃疡性结肠炎：症状颇似慢性菌痢，但有反复发作史，大便培养阴性，乙状结肠镜检可见粘膜呈细颗粒状改变，血管纹理消失，伴红斑状充血以及椭圆形小溃疡，其表面常覆以黄白色渗出物，严重者有大的不规则溃疡。
(7)其他：如花柳性淋巴肉芽肿，直肠子宫内膜异位症，结肠憩室炎等，可借助症状、体征、x线检查和纤维肠镜检查以资鉴别。