在不孕妇女中，约15%～20%患子宫内膜异位症，而在子宫内膜异位症病人中，不孕率约30%～40%。那么，为什么会发生不孕呢？
异位的子宫内膜与行经一样，发生周期性出血，血液不能外流，刺激盆腔腹膜，发生粘连，形成疤痕，使输卵管受压梗阻；或使输卵管浆膜粘连成束、扭曲，从而影响摄取卵子的作用；或因粘连，子宫后倾固定，使精子不易进入子宫口；或因粘连包绕卵巢，卵子排不出；或因子宫内膜异位囊肿 (又称巧克力囊肿)，异位于卵巢内的内膜病灶破坏了卵巢实质，影响排卵。以上种种原因，均可造成不孕。
另外，隐性子宫内膜异位症(指盆腔腹膜上散在着点状或小片状的异位子宫内膜，无症状，妇科检查也查不出来，只有通过腹腔镜才能发现的子宫内膜异位症)，没有上述种种原因，为什么也发生不孕症呢。因为：①异位的子宫内膜产生的前列腺素，显著高于正常的子宫内膜，过高的前列腺素可阻止卵泡增长，影响输卵管的蠕动而影响受孕；还可促成黄体退化，易导致流产。②异位内膜周期性出血，不能外流，机体巨噬细胞进行吞噬吸收，从而诱发自身免疫反应，如血清抗卵巢抗体、抗子宫内膜抗体升高，影响排卵和黄体功能，影响孕卵着床。③部分子宫内膜异位症病人可引起血清催乳素增高，抑制FSH分泌，使卵泡发育不良，导致不排卵或黄体功能不全而不孕。