流感疫苗的预防接种应严格按照《疫苗流通和预防接种管理条例》的有关规定和要求管理。
县级以上地方人民政府卫生行政部门根据流感监测和预警信息，为预防、控制流感的暴发、流行，经所在地县级以上人民政府批准并报上级卫生主管部门备案，可在本行政区域进行群体性预防接种。流感暴发流行时，县级以上地方人民政府或者其卫生主管部门可采取应急接种措施。县级以上人民政府或者卫生主管部门组织的群体性接种或者应急接种所使用的疫苗，由政府免费向公民提供。
除上述情况外，流感疫苗由群众自愿接种，费用自行负担或通过其它途径解决；疫苗接种应在当地卫生行政部门指定的接种单位内进行。
疾病预防控制机构、接种单位及其医疗卫生人员发现预防接种异常反应、疑似预防接种异常反应或者接到相关报告的，应当依照预防接种工作规范及时处理，并立即报告所在地县级人民政府卫生主管部门、药品监督管理部门。接到报告的卫生主管部门、药品监督管理部门应当立即组织调查处理，并将异常反应及处理情况逐级上报至卫生部和国家食品药品监督管理局。