水面舰艇编队为使自己免遭敌潜艇攻击，通常组成远、中、近三层防潜警戒。远程防潜警戒主要由舰载反潜飞机担任，也可由岸基反潜飞机及核动力反潜潜艇担任，配置于距编队７５公里以远的编队前方或受威胁方向上，其任务是进行对潜搜索，及时发现和查明敌潜艇，并对其实施攻击，以阻止其向编队接近和发射反舰导弹。反潜飞机主要靠声纳浮标和磁探仪来发现水下状态的潜艇，其雷达也可以发现水上或潜望状态的潜艇，并可用机载反潜自导鱼雷或深水炸弹对潜艇实施攻击。反潜潜艇主要是依靠本身的声纳来发现敌潜艇，并可用反潜自导鱼雷对敌潜艇实施攻击。
近程反潜警戒是由舰载反潜直升机担任的，通常配置在编队舰载声纳探测范围以外的编队前方或受威胁方向上。其任务是进行反潜搜索，及时发现和查明敌潜艇并对其攻击，阻止其发射导弹和进入鱼雷攻击阵位。舰载反潜直升机主要是靠吊放式声纳或声纳浮标来发现水下潜艇，也可用雷达或目力发现水面或潜望状态的潜艇，并可用反潜自导鱼雷和深水炸弹实施对潜攻击，或向编队通报潜艇位置，由编队使用舰载反潜武器进行对潜攻击。直接反潜警戒的兵力通常是编队内担任警戒任务的舰艇，在距被警戒舰一定距离上呈环形配置，用舰载声纳对水下实施搜索。
在对潜防御中，除应及时发现和消灭敌潜艇外，还应及时发现和防御敌潜艇所发射的武器。对敌潜艇发射的反舰导弹的防御，与对空防御中防导弹完全相同。对敌潜艇所发射的鱼雷，尤其是各类自导鱼雷的防御，是对潜艇防御的重要组成部分。目前，对水中鱼雷，还没有有效的办法能将其直接摧毁。对直航鱼雷，主要是靠改变命中角，使舰艇航向与鱼雷航向保持平行的方法来降低其命中概率。对自导鱼雷，主要是靠水声干扰，并利用舰艇的航速来摆脱其跟踪和命中，如进行噪声干扰、欺干扰以及遮蔽干扰等；也可把来袭自导鱼雷置于编队的侧后方向高速脱离，以耗尽鱼雷的能源。
