阵发性睡眠性血红蛋白尿尚无特异性疗法，对症治疗主要是缓解贫血及减少溶血发生。选择治疗时要根据每个患者实际情况权衡利弊。常用的治疗方法有：
(1)皮质类固醇
一般认为，用强的松类药物可控制或减轻血红蛋白尿发作，使血红蛋白上升，但停药后易复发。一般20～30毫克/日，连用3～6周，缓解后逐渐减量。减量过程中，有人主张试服旦那唑(炔睾醇)0.2克，每日2次或每日3次，可减少反跳现象。
(2)雄激素
雄激素可促进红细胞生成，对阵发性睡眠性血红蛋白尿骨髓增生低下者，用雄激素可减少输血，使血红蛋白上升。国内一般应用大力补或康力龙。大力补15～30毫克/日，或康力龙6～12毫克/日，应用中注意副作用。
(3)维生素E
维生素E是一种抗氧化剂，国外学者认为它可强化红细胞膜，阻止溶血发生。国内常用于治疗阵发性睡眠性血红蛋白尿，但疗效须进一步证实。一般剂量100～200毫克，每日3次。
(4)铁剂
阵发性睡眠性血红蛋白尿患者由于大量血红蛋白随尿丢失，病程久长可致严重缺铁性贫血。明确缺铁后，可用铁剂。但补铁不当，会使溶血加重，这是因为使用铁剂后生成更多有缺陷的对补体敏感的红细胞的缘故。所以只宜用小剂量口服铁剂。有人主张在给铁剂治疗前先输血，以抑制红细胞的生成，防止溶血加重。
(5)输血
输血不但可以提高血红蛋白水平，而且由于输入的红细胞为正常无缺陷红细胞，它们的寿命正常，因此可相对减少患者自身的有缺陷的红细胞的比例，减轻溶血。临床上常见大量输血后血红蛋白尿减轻甚或停止。
输血的适应症是①严重贫血伴有缺氧症状；②严重、持续的溶血伴有长时间的血红蛋白尿；③小血管血栓形成的剧痛；④外科手术之前。
但由于输全血可同时输入血浆中ABO凝集素及补体等，以及患者多次接受HLA不同型血，可产生抗白细胞及抗血小板抗体，常易发生输血反应，甚至诱发血红蛋白尿，或加重原有血红蛋白尿。因此，对阵发性睡眠性血红蛋白尿患者应输以生理盐水洗涤红细胞。
(6)其他
其他如用骨髓移植、胎肝移植、654-2治疗。