两者之间存在四大区别:
第一、适用的法律规范不同。在德国，政府机关实行双轨制，既有公务员，也有职员(相当于我们的雇员);公务员属终身雇佣，与雇主即政府的关系由专门的公务员法来调整;职员属合同雇佣，而合同是有期限的，其与政府的关系由专门的雇佣法来规范。在我国，国家公务员暂行条例明确了公务员和政府的权利和义务，而政府雇员制则是依照劳动合同来规范政府和雇员双方的权利和义务，在法律上一般是按照劳动法来约束双方的行为。
第二、用人方式不一样。无论是选任还是委任，公务员制度都是刚性的，一般来讲公务员都是终身的。而政府雇员制的用人模式与企业一样，是市场化的，唯一不同之处就是雇主不是企业而是政府。
第三、管理方式不一样。对公务员的管理，如录用、考核、奖惩等都有法律规范作为依据，而雇员则完全按照合同进行管理，是一种企业化的管理模式。工作合同期满后，政府可能和你续约，也可能请你另谋高就。
第四、薪酬待遇不一样。公务员制度有一套完整的工资体系，按照职务、级别的不同，享有不同的工资，是刚性的薪酬体系。政府雇员制则是按岗定薪，并参照人才市场行情和职业风险程度上下浮动。