海軍旗與國旗的界分
在全世界芸芸諸海國之中，海軍旗與國旗同式者不少，於國旗上加章紋而成海軍旗者更多，海軍旗與國旗毫無關連者，可說是絕無僅有，而我國在北伐之前，卻正是後者的情形。
北伐成功後，國民政府於民國十七年十二月十七日公佈「中華民國國徽國旗法」八條，定青天白日為國徽，青天白日滿地紅旗為國旗，海軍旗遂與國旗同式。民國四十三年，經立法程序，修正「中華民國國徽國旗法」，由原來八條增為二十二條，內第十五條規定：「海軍艦隊之升降或懸掛國旗，依本法規定辦理，並依國際慣例行之。」
海軍旗與國旗式樣雖同，但在各種不同場合實際使用時，自然需要辨識與觀念上的認知：
一、旗隊中海軍旗與國旗併列時，旗幅之大小與國旗相同，惟國旗之旗桿，為白色配金黃色圓頂；海軍旗之旗桿則為白色配銀色矛頂及劍形旗鐏。兩旗並列時，國旗居右。如加入單位旗成三旗併列時，則國旗居中，軍旗在右，單位旗在左。一般來說，國旗之旗桿稍長。
二、艦艇不論靠泊或海上航行，每日所升懸者為海軍旗，亦即國旗。陸上各機關、學校、廠所、部隊營區，每日所升降之旗亦同。
我國海軍旗簡史
民前十九年（光緒十九年，1983）陸皓東精心設計一面「青地、中有白日」的青天白日旗。
民前十七年（光緒廿一年，1895）陸皓東提議以其手繪之青天白日旗作為軍旗。
民前十二年（光緒廿六年，1900）第二次革命，鄭士良舉義於惠州，正式使用青天白日為軍旗。
民前六年（光緒卅二年，1906）同盟會本部討論中華民國國旗之形式：國父主張沿用青天白日旗，以紀念陸皓東及興中會諸先烈，並精心設計，增加紅色，
改成青天白日滿地紅，以符自由、平等、博愛之真義。廖仲凱提議用井字旗，以表示井田之義。另有人提議用金瓜斧鉞式，以發揚漢族精神；用十八星式，以代表十八行省；用五色式，以順應中國歷史之習慣。
海軍自民國前一年（辛亥）在九江首義時，即已換升青天白滿地紅旗為海軍旗。
民國一年一月三日各省代表會及臨時參議院議決：以五色旗為國旗（取五族共和之意），以青天白日滿地紅旗為海軍旗。
民國一年六月八日袁世凱臨時大總統，公布參議院議決以五色旗為國旗，並頒布海陸軍旗式。
民國一年十一月七日大總統頒行「海軍旗章條例」，明訂艦首旗（五色旗）、海軍旗（青天白日滿地紅旗）。
民國十年五月五日國父孫中山先生就職非常大總統，公布以青天白日滿地紅旗為國旗。
民國十六年三月十四日北洋政府海軍投向國民革命軍，所轄各艦改懸青天白日旗幟（艦首）。
民國十七年十一月二日國民政府第五次國務會議議決：制定「中華民國國徽國旗法」，以青天白日滿地紅旗為國旗。
同年十二月十七日公布。海軍旗未變，與國旗同式。
民國十八年十二月廿日國民政府明訂海軍旗與國旗同式，艦首旗為青天白日旗。
参考资料：http://www.cna62.net/cna@usa/philosophy/62seagull/wi-08.htm