日本海军旗诞生于１８８９年，根据海军旗章条例，于１８８９年１１月３日开始悬挂。旗为长方形，图案为白底色上印有红色日章和光芒线，放射状的光芒线共１６条，象征舰船的罗盘具有３２个方向点。日本战败后，日本不再拥有军队，这面“海军旗”被废弃。
１９５２年８月，随着日本保安法的实施，日本海上警备队作为日本军事力量隶属于保安厅。当时，海上警备队暂将一面三色条旗悬挂于舰船之上，以代“海军旗”。此后，日方开始广泛有奖募集海军舰旗图案。最后，欧洲风格画家小川传四郎的设计方案被采用。其旗为长方型，白底色上有黑色横线，中间有一朵樱花，花为红瓣、白蕊。
１９５４年，在保安警备队基础上，日本建立海上自卫队。同年７月，防卫厅长官决定对海军舰旗做全面修改。海军上将米内光政请其亲属、画家米内穗丰设计草图。而米内穗丰所设计的图案与旧日本海军旗完全一样。他认为：“旧海军旗非常出色地应用了黄金分割率，使其形状、日章大小和位置、光线的配置恰到好处，无论哪个图案也不能与之相比。”
此方案公诸于世后，在社会上引起强烈反响，有人谴责说，这是日本军国主义复活的征兆。于是，方案交到吉田茂首相处裁决。吉田茂在听取了防卫厅长官木村笃太郎的报告后说：“在世界上，旧日本海军已无人不知，无人不晓，日本军舰无论航行到何处，人们一眼便可认出。况且，旧海军舰旗可以使海上自卫队继承旧海军的优良传统，誓死保卫岛国日本。”
经吉田茂裁决，日本海上自卫队重新恢复使用了旧日本海军的旗帜，一直至今。
参考资料：http://www.csscinfo.com.cn/cssclm/cssclm.asp?dbname=SYSTEM.船舶知识&ResultID=1&RecID=213
