北京皇宫内的文渊阁、京郊圆明园的文源阁、承德避暑山庄的文津阁、奉天故宫的文溯阁，被称为内廷四阁
镇江金山寺的文宗阁、扬州大观堂的文汇阁、杭州西湖圣因寺的文澜阁，合称南三阁
后来，乾隆考虑到文人学子读书的方便，又命令增抄三部《四库全书》，并在文化发达、文人荟萃的江浙新建三座藏书楼，即镇江金山寺的文宗阁、扬州大观堂的文汇阁、杭州西湖圣因寺的文澜阁，合称南三阁。这三阁的《四库全书》均对外开放，而且鼓励文人学子入内阅看，在办理手续后，还可以把书借出抄录。
《四库全书》是清乾隆皇帝亲自组织编写的、中国历史上规模最大的丛书。最初成书四部，分藏于紫禁城文华殿后的文渊阁、圆明园的文源阁、承德避暑山庄的文津阁、沈阳故宫的文溯阁，合称“北四阁”。后来为了方便南方士子读书又续抄三部，分贮于扬州的文汇阁、镇江的文宗阁、杭州的文澜阁，合称“南三阁”。
两百年间，七部《四库全书》迭经战乱，屡遭焚难，文源阁、文宗阁、文汇阁藏本已不复存世，文澜阁本也曾一度散失。上世纪三十年代，杭州藏书家丁丙、丁申意外地发现，有人用文澜阁本的《四库全书》的书页当包装纸。于是兄弟两人收藏到一些残本。文溯阁本曾遭日本侵略军的抢掠，剩余残本保存在甘肃省图书馆。文渊阁本则于上世纪四十年代末被运到台湾收藏，书架、书函依然留在故宫。文津阁本1913年从承德启运，1914年到京后暂存故宫文华殿，1915年由京师图书馆正式接收，现为国图镇馆之宝。而且国图保存的《四库全书》是现今惟一原架、原函、原书一体存放的一部，共128架，6144函，36304册。
过去认为《四库全书》七部是一样的。上世纪80年代，台湾商务印书馆曾影印出版文渊阁《四库全书》，给使用者以极大的方便。1991年底，当国家图书馆杨讷研究员主持进行文渊阁《四库全书》影印本与文津阁《四库全书》原书核对录异的工作时，却有了惊人的发现。在完成的集部和史部中，集部收书1273种，存有差异者788种，占62%；史部收书566种，存有差异者290种，占51%，差异程度也各不相同。
专家表示，因为《四库全书》保存情况相对较好，暂没有修复计划。
参考资料：http://www.ndcnc.gov.cn/datalib/TradeNews/2005/2005_04/tradenews.2005-04-21.***********
清乾隆三十八年(1773年)，乾隆皇帝在翰林院开设了四库全书馆，任命东阁大学士刘统勋等人为总裁官，翰林院编修纪晓岚等人为总纂官，以明代遗书《永乐大典》为基础，以宫廷藏书和征集自全国的书籍为补充，编纂由“经、史、子、集”四大门类构成的《四库全书》。
《四库全书》成书后共抄写了七部，分贮于七座专用藏书阁中。分别为北京皇宫文渊阁、盛京(沈阳)老皇宫文溯阁、北京圆明园文源阁、承德避暑山庄文津阁(这四阁均在北方，史称北四阁)及南方的扬州大观堂文汇阁、杭州圣因寺文澜阁、镇江金山寺文宗阁(史称南三阁)。这“北四、南三”七座藏书阁，虽然规模大小和精致程度有所不同，但建筑样式均以宁波天一阁为模板。藏书阁名称中的“渊、源、溯、津、汇、澜”等字，既反映著文化传承的渊源关系，也包含著希望以水镇火的意图。镇江文宗阁的“宗”字虽然没有“三点水”，但出自“百川朝宗归于海”的典故，也有“水”的寓意。扬州文汇阁与镇江文宗阁及阁内贮藏的两部《四库全书》，在太平天国期间，于咸丰三年(1853年)毁于战火。
杭州文澜阁也在1861年毁于战争。文澜阁本《四库全书》损毁过半，后由杭州藏书家丁氏兄弟组织人力赴北京抄补得以续全，但因原书只存一半，故有半部之称。此书现藏浙江省图书馆。现在的杭州文澜阁是光绪六年(1880年)重建的。
故宫中的文渊阁，在午门内的文华殿北侧，如今已是书去楼空。文渊阁本《四库全书》，是七部书中成书最早的一部。此书现存台北故宫博物院。
圆明园文源阁及阁内贮藏的文源阁本《四库全书》于咸丰十年(1860年10月18日)被英法联军火烧圆明园时焚毁。
沈阳文溯阁，在沈阳故宫内，文溯阁本《四库全书》，在1966年10月移交甘肃省图书馆保存。
承德文津阁，在避暑山庄内。袁世凯任民国总统期间，内务部为在故宫前半部开办古物陈列所，下令将避暑山庄的文物调运北京。
1931年6月25日，国立北平图书馆在北海西侧建成，文津阁本《四库全书》移入图书馆新楼贮藏，图书馆门前的街道也因此命名为文津街，并沿袭至今。1987年，国家图书馆在紫竹院建成，文津街的老北图更名为国图分馆，所藏文津阁本《四库全书》也移至国图新馆的文津厅内收藏。
文津阁本《四库全书》共计36，304册，贮书所用的6，750个木制书函和128个木质书架，均为乾隆时期的避暑山庄文津阁原物。国家图书馆与商务印书馆不久前合作影印出版的《四库全书》，就是以文津阁本为原本影印的。
至于当年纪晓岚等人编纂的《四库全书》底本，原收藏于清代翰林院。翰林院旧址就在今东长安街公安部院内。1900年义和团进攻东交民巷使馆区时，翰林院及《四库全书》底本一同毁于战火。
