英国军队女王旗只有在为女王陛下、菲利浦亲王殿下、爱丁堡勋爵、女王母亲伊丽莎白皇太后及其他皇室成员派出仪仗队时，为外国君主、外国共和国总统派出仪仗队时，女王诞辰庆典时，以国防委员会（马耳他和直布罗陀以舰队总司令）名义进行重大庆典时，英联邦国家内有总督、英联邦国家元首等出席的重大庆典时，才能使用，并且不得在外国领土上悬挂。如在英国以外的英联邦国家内，庆典游行不适宜使用军队女王旗时，可由在场的将官或高级军官决定使用皇家海军旗。在英国政府承认的国家内举行重要仪式时，皇家海军旗应由海军陆战队员肩扛通过。
参考资料：http://www.csscinfo.com.cn/cssclm/cssclm.asp?dbname=SYSTEM.船舶知识&ResultID=1&RecID=215