荤菜和素菜的最大区别，是蛋白质数量和质量上的差异。蛋黄，经肉，奶类等动物性食物不仅蛋白质含量高，而且各种氨基酸的比例与人体的需要也比较接近，因此吸收利用率较高，属于优质蛋白质。在植物性食物中，除了大豆以外，蛋白质含量都较少，各种氨基酸的组成与人体的需要往往相差较大（譬如小而对赖氨酸和色氨酸的需要量大约是6~8：1。在鸡蛋中两者的比例为7：1,但在谷物中仅2:1。说明谷物所含的赖氨酸显然不足），因此素菜中的蛋白质无论是数量还是质量都没有荤菜中的好。
从脂肪来讲，素油所含的必需脂肪酸（人体自己不能合成），比较丰富，而且溶点低，容易消化吸收，比荤油更胜一筹。但荤菜如鱼类，蛋黄，肝脏着含有植物油中所缺乏的维生素A和D。
荤菜所含的维生素C不多。新鲜蔬菜中所含有的维生素C则是人体维生素C的主要来源。各种有色蔬菜中所含的胡萝卜素，能在人体的肠粘膜细胞和肝细胞中转变成维生素A，供机体所利用。
在矿物质方面，动物性食物含有品种齐全的各种矿物质，含量也较丰富。素菜所含的矿物质不仅数量较少，而且植物性食物常含有较多的植酸和草酸，它们易和各种矿物质结合成难以吸收的盐类，故单纯素食者容易得缺铁性贫血或营养型锌缺乏等微量元素缺乏症。
膳食中的纤维素主要来源于植物的细胞壁，荤菜中含纤维素很少，而在素菜中却很丰富。纤维素虽然不能产生热能，但可以刺激肠道蠕动，保持大便通畅，它不仅使消化道中可能存在的致癌物质浓度降低并使之及时排泄，还能阻止胆酸从肠道中重新吸收，从而有降低胆固醇的作用。
可见，动物性食物中的蛋白质，脂溶性维生素和多种矿物质比素菜好；但是植物性食物中的不饱和脂肪酸，水溶性维生素和粗纤维又比荤菜多。双方各有所长，又各有所短。长期单吃某一类势必会造成营养素的不平衡。只有不偏食，不挑食，荤素搭配，相互取长补短，才能有益于健康.
