少林寺历史上曾有过三次大的劫难，北周武帝宇文邕时期的“周武灭法”使少林寺佛像被毁、塔庙被砸、僧徒们流离失散；
隋朝的“大业之火”和唐代末年武宗李炎时期的“会昌毁佛”，更让少林寺伤痕累累。
而少林寺最严重的一次劫难则发生在1928年，它给少林寺带来的灾难史无前例的：1928年春天，吴佩孚集团军阀樊钟秀与冯玉祥的部将石友三展开激战，樊钟秀曾把部队驻扎在少林寺内，3月15日石友三打败樊部后直接火烧少林寺。据载，石友三从登封城内运来煤油，涂抹在少林寺内建筑上后炮轰点燃，少林寺大多殿堂焚毁，“藏经阁前所有建筑和一些重要文物均被烧毁”。