上海APEC会议期间，外交部新闻发言人朱邦造解释了中国官方对“东突”分子的定义——确实有一批民族分裂分子想通过暴力恐怖的手段把新疆从中国分裂出去，建立所谓的“东土耳其斯坦”，我们称之为“东突”恐怖分子。
对于“东突”分子产生的原因，学术界已经认同的是“受历史上泛伊斯兰主义和泛突厥主义影响”。
有学者考证指出，突厥是历史上的一个游牧民族，曾在中亚一带建立了东西两个突厥汗国。东突厥被回纥人(维吾尔族的直接祖先)所灭，西突厥被唐朝所灭，突厥人从此失去了发展成为当代民族的历史机会。西突厥的两个部落西迁到小亚细亚半岛定居，他们的后代建立了辉煌一时的奥特曼伊斯兰帝国。第一次世界大战后，凯末尔在帝国的废墟上建立了土耳其共和国。
与这一概念相关的突厥斯坦是一个地名，在流入咸海的锡尔河边，原本是泛指中亚古突厥人的发祥地。19世纪，欧洲地理学家开始使用这个名词，并把所属的范围扩大——中亚的俄国部分成了西突厥斯坦，而中国新疆(主要是南疆)被称为东突厥斯坦。
19世纪中期，阿富汗人哲马丁鲁提出了联合所有伊斯兰教国家，创立统一的伊斯兰政治实体的主张，开始了泛伊斯兰主义的传播。泛突厥主义运动源于沙俄统治下受泛斯拉夫主义压迫的鞑靼人，其目的是要联合从小亚细亚到中亚的所有突厥斯坦语系的民族，建立一个统一的突厥帝国。这两种思潮在新疆的表现就是“东突厥斯坦独立运动”。
泛伊斯兰主义和泛突厥主义从本世纪初开始传入新疆，到民国初年略具规模。土耳其人艾买提卡马尔和从土耳其留学归来的维吾尔知识分子麦斯武德，是宣传这两种思潮的代表。19世纪30年代初，新疆时局混乱，东突厥斯坦运动趁机在喀什建立了“东突厥斯坦回教共和国”。这个政权仅存在了三个月，但成为东突厥斯坦独立运动的开始，新疆民族分裂主义分子一直承袭至今。
“‘东突’分子目前主要有两个活动中心。”中国社科院研究中亚问题的青年学者孙壮志说，一个中心在西方，主要集中在德国、意大利，借助西方所谓中国人权的观点来攻击中国政府;另一个是在中亚，于1990年代初中亚各国独立初期局势混乱之机，在哈萨克斯坦、吉尔吉斯等国先后出现。他们一般是处于地下状态，所在国的政府持打击态度。
兰州大学中亚研究所所长杨恕教授列举了两个目前较有影响的“东突”分子组织:1.东突厥斯坦解放阵线组织，曾于1994年在哈萨克斯坦注册过，后被哈官方取缔。其核心人物阿希尔瓦依丁曾是新疆自治区的一名高级干部。2.维吾尔人国际联盟，其首领是哈科学院一名维吾尔研究人员。
“需要指出的是，‘东突’分子是个笼统的概念，并不是某一组织的名称。”杨恕教授说，“东突”分子的组织在在境外大大小小有50多个，主要集中在中亚地区。他们一般的状态是由几个维吾尔人组成一个组织。小的组织一般是集会，散发宣传品，训练，贩毒，或者在新疆制造一些暴力事件。大一点的组织在欧洲开展活动，比如开会要求新疆独立等。
杨恕和孙壮志的研究都认为，尽管有这么多组织，但他们并未产生一个真正的“东突”分子领导核心。东突分子有一部分的社会经济基础，他们的经济来源包括在外经商办企业、贩毒和获取阿拉伯国家的资助
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