波利尼西亚人的祖先来自何方？人们争论了数百年之久，主要有两种不同的说法。一种说法认为来自西方，另一种说法认为来自东方。两种说法都有一定道理。
从地理位置上看，波利尼西亚群岛与其西面的密克罗尼西亚、美拉尼西亚两大群岛相毗邻。而它与东面的美洲大陆之间相隔辽阔的海域。从语言上看，波利尼西亚人的语言与其西面两大群岛有密切关系。这三大群岛的语言同属一个语种，即马来一波利尼西亚语种。这一语种包括的范围，西起非洲东部的马达加斯加岛，东至复活节岛的广大地理空间。另外，波利尼西亚的一些主要家畜和栽培作物，与东南亚地区相近。这些事实长期以来使一些人类学家认为，波利尼西亚人的祖先是从西部迁移来的。
但是，另一方面，波利尼西亚人与其西面两大群岛的土著居民也有很多不同之处，而与其东面美洲大陆的印第安人却有很多相似之处。例如，在体形上，密克罗尼西亚和美拉尼西亚人都身材矮小，而波利尼西亚人则相对要魁伟些，这与印第安人更为相近。在血型上，波利尼西亚人和美洲印第安人都缺少B型和AB型血型。另外，人们还发现，波利尼西亚人的神话传说和传统习惯中，也有若干与印第安人相似之处。因此，有一些人类学家认为，波利尼西亚人的祖先是从东面的美洲迁来的。
从地理条件看，在古代航海工具很原始的情况下，亚洲大陆或东南亚地区的居民，由于有密克罗尼西亚和美拉尼西亚两大群岛的存在，可以利用这两大群岛作为跳板或中转站，从而比较容易地来到波利尼西亚。而美洲印第安人要到波利尼西亚群岛，则不具备这种有利条件，他们要越过辽阔的海域，其间缺少岛屿作为跳板。
然而，太平洋上的海流，对从东南亚或亚洲大陆直接向东航行到波利尼西亚群岛，会造成很大的麻烦。在太平洋中部赤道南北两侧，有两股强大的海流，即南赤道洋流和北赤道洋流。两股洋流都是自东向西，从太平洋东部流向太平洋西部。所以，乘木帆船从太平洋西侧逆着这两股洋流向东长久航行几乎是不可能的事。另外，与这两股强大的洋流相伴，还有两股强大的季风，常年保持着和这两股洋流一致的方向。狂风巨浪，对于古代的小木船或帆船，不啻于灭顶之灾。16世纪时，葡萄牙人和西班牙人曾多次试图从东南亚地区向东航行，到太平洋中去探险，但每次都失败了。因此，位于太平洋西部的密克罗尼西亚和美拉尼西亚群岛的许多岛屿，都不是被从亚洲大陆或东南亚向东航行的航海家发现的，而是由从美洲向西航行的航海家发现的。例如，1527年，海尔南科台斯命令一支探险队从墨西哥出发向西航行到菲律宾，一路很顺利，可谓一帆风顺。而后，他又命令船队经原来的路线再返回，探险队经过多次尝试，试图向东再横越太平洋返回，结果均以失败告终，风和洋流总是毫不客气地把船向西推回到印度尼西亚。他们的这一尝试，前后持续了2年时间，都未成功。
从太平洋西部到东部的航行，一直到1565年，才由安德列斯乌尔塔奈塔完成。然而，他之所以能完成这一航行，主要是选择了一条巨大的弧形航线。他从太平洋西侧经日本向太平洋北部航行，发现这里有一股自西而东的强大的洋流，从太平洋西部经日本列岛和阿留申群岛南侧流到北美洲的西海岸。这就是著名的黑潮。这样就开辟了从亚洲到美洲的海上航路：借助黑潮、北太平洋海流，可从亚洲到达北美洲的西海岸，然后再从北美洲的西海岸顺着北赤道洋流到达亚洲。
此后，蒙大纳在南太平洋进行了两次探险。这两次探险航行，他都是从位于南美洲的秘鲁出发向西航行，并发现了波利尼西亚和美拉尼西亚的岛屿。然而，他也不能顺原路返回南美洲西海岸，不得不顺着黑潮的海流，绕道北太平洋经阿留申群岛和夏威夷返回。这就表明，在赤道南侧的南太平洋，自西向东的航行，也是相当困难的。这些探险活动，有利于波利尼西亚人的祖先来自东面美洲大陆的说法。
东来说的主张者们还有下列事实作依据：在西班牙人最初来到秘鲁（当时印第安人在这里建立了强大的印加帝国）时，当地人曾告诉西班牙人有关西方遥远岛屿的许多情况，他们去过这些岛屿，并且是乘着用轻木做的木筏去的。另外，欧洲人最初来到波利尼西亚时，发现在它的东部岛屿种有美洲白薯，说明这种植物是从美洲大陆传来的。
不仅海流、风向和漂流探险表明，波利尼西亚人与北美洲西北沿岸的印第安人存在着联系，考古学与人类学研究也为此提供了证据。考古学家近年发现，波利尼西亚人曾经使用的石柄鱼钩和骨制倒钩，在北美洲西北太平洋沿岸地区的印第安人中也曾使用过。波利尼西亚人加工食物用的造形美丽的磨光石器，也是北美洲西北太平洋沿岸地区印第安人加工食物的基本工具。这两个地区的人们把食物弄熟的办法也相似：他们都还不懂得制造陶器，因此不是用陶器来煮熟食物，而是在地上挖坑，铺上石头作为地灶来烘烤食物。他们都不懂纺织技术，而是用槌子把树皮纤维捶成类似毡子一样的东西遮盖身体。另外，从体形、头形、鼻子、皮肤、头发、血型、传统习惯、宗教以及部落组织等诸多方面，波利尼西亚人与北美洲西北部太平洋沿岸地区的印第安人之间非常接近，关系密切。
总之，波利尼西亚人的祖先来自何方？他们是如何迁移来的？仍是个谜。