“南京”名称始于明代。历史上先后称为冶城、越城、金陵、秣陵、石头城、建业、建康、白下、上元、升州、江宁、集庆、应天、天京等，尽管几番更换城名，依然以其悠久的历史、灿烂的文化、雄奇的丰姿、绮丽的风光，盛名百世，在中华民族发展史上占有重要的地位。
东吴
公元２１２年，三国时期的吴主孙权在金陵邑故址，利用西麓的天然石壁做基础修筑了石头城。石头城临江控淮，恃要凭险，可以贮藏兵械和粮饷。因此，它是东吴水军江防要塞和城防据点。石头城周长６里左右。公元２２９年孙权在此建都,始创建业城,这是南京作为都城的正式开始，至今已有１７００余年。 当年建业城的内外，人工运河与自然江河纵横相接，三吴地区（吴郡、吴兴和会稽）丰富的物资，可以通过江南水网直接运抵都城内的仓城。石头城下的长江码头经常停泊有数以千计的船舰，曾经远航至台湾、海南岛和朝鲜半岛等地，并与日本及南海诸岛有着密切的文化往来。
东晋 南朝
东晋及被称为“南朝” 的宋、齐、梁、陈是年代相继的５个王朝（３１７－５８９年），她们的都城是在吴建业的基础上扩大而成的，改名叫建康。连同在此之前的东吴，常被人们称作“六朝”，所以南京又有六朝古都” 之称。东晋至南朝时，农业、手工业有了重要进步，主要表现在开垦良田、炼钢术、造纸术和制瓷术，农业、手工业的发展带来商业繁荣。都城内外的大小商市有１００多个，商品的范围相当广泛。与海外诸国的经济文化来往，也比东吴时更为频繁。
在经济繁荣的基础上，北方和南方世家大族，以及佛教高僧和道家代表人物都会集建康，从而使它成为当时全国的文化中心。当时建康有儒学、玄学、文学和史学４座学馆，佛学、道家思想、书法、绘画、雕塑、数学、天文、化学和医药学等都有了很大的发展。如思想家范缜；文学家郭璞、沈约和谢灵运；文艺评论家刘勰、肖统和钟嵘；史学家范晔、裴松之和肖子显；佛经翻译家法显、宝去和佛驮跋陀罗；道家兼化学和医药学家葛洪和陶弘景；书法家王羲之和王献之父子；雕塑家戴逵父子；绘画家顾恺之；数学兼天文学家虞喜和祖冲之父子等先后在建康留下了不朽的作品。
东晋以来，佛教在江东逐渐盛行。六朝时期，建康城内外寺宇比比皆是。晚唐诗人杜牧对此作了生动的描述：“千里莺啼绿映红，水村山郭酒旗风。南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中。” 当年建康城郊，帝王的离宫园囿，大族的府第别墅，与佛寺和陵墓错落其间，形成所谓“六代豪华” 的表面繁荣局面。
南 唐
经历了３００余年的“六代豪华”以后，到隋唐时期金陵便步入了低潮，这是由于隋唐的统治者惧怕在金陵再出现割据政权。唐代的金陵已降为一般的州县，六朝的城阙宫殿，在隋兵灭陈时即被平毁，六朝的历史遗迹，仅为文人学士、诗人词客的凭吊对象，故唐诗中有关金陵怀古的诗篇甚多。不少著名的诗人都曾访问过金陵，尤以李白的访问次数最多。
到唐末五代十国期间的南唐，金陵再次被作为国都，部分地恢复了昔日东南重镇的地位。南唐是一个不大的南方割据政权，管辖区域最大时仅有今苏、皖、赣、闽、湘５省之地，统治年限亦仅３９年９３７－９７５年）。但是，它的统治者先主李bian 、中主李景和后主李煜父子本身均能注意农业，奖励耕桑，并发展工商业。南唐对于文化艺术事业特别重视，李景和李煜父子本身就是著名的词家，南唐画苑里也集中了像徐熙、董源、赵千、巨然、周文矩和王齐翰等很有才华的画家，为后来北宋画坛的兴盛作出了奠基性的贡献。
作为南唐国都的金陵城，在南京城市发展上也是一个重要的转折点，即改变了六朝时建康都城将政治区与工商业区和居民区分离的状况，而将城池南迁到以秦淮二十四航为中心的位置。在南唐金陵城的范围内，千余年来一直是南京人口最密集、工商业最繁盛的地带。
明 代
公元１３６８年朱元璋登上皇帝宝座，国号大明，下令以应天府为“南京” ，南京的名称就是从这个时候开始。１３７８年改南京为京师，明初建都南京，历洪武、建文、永乐三帝，前后５３年。１４２１年明成祖朱棣迁都北京，以南京为“留都”，仍保留着皇宫，设五府、六部、都察院等中央机构。
朱元璋称帝的前两年，即公元１３６６年就下令新建宫城和改筑应天府城。历时２１年之久，筑成号称方圆９６里，实测为３３.６７６公里的砖城。 南京城在现存的古城垣中，不仅是我国第一而且是世界之最。明代南京皇宫位于城的东部，建筑宏伟壮丽。曾为明初洪武、建文、永乐三代皇帝所使用。明成祖迁都北京，建造北京皇宫时，就是以南京皇宫为蓝图的。
南京在明朝时期，尤其是明初的５３年间，经济、文化发展很快，成为全国最大的城市。当时城内有１００多个工商行业，其中与丝织业有关的达２０多个，官营的丝织业以织造高级的锦缎、素缎和绫、罗、纱、绢为主，尤以织金锦和金银线织成的彩色妆花缎最为精工，单是织绵工匠集中的地点就有３个坊。明代南京的建筑业和造船业是两项规模巨大的官营手工业。明代南京的雕版印刷业亦闻名全国。
清代的南京和太平天国的天京
明清两代交替期间，南京城并未遭到什么破坏，清政府在此设立了两江总督衙门，管辖江苏、江西和安徽３省，仍然保持了南京作为东南重镇的地位。
在清代前期，南京的城市经济持续发展，特别是丝织业发展到了鼎盛时期。清政府特设江宁织造署来管理丝织业，著名小说《红楼梦》作者曹雪芹的祖上就曾经先后担任江宁织造官近６０年之久，从而构成了《红楼梦》书中内容的重要历史背景材料。
１８５３年３月，广西桂平县金田村起义的太平军进抵南京城。天王洪秀全直接至两江总督署，不久即就此改建为“天朝宫殿”（１８５３－１８６４年）太平天国建都天京期间，曾经在此颁布了以废除封建土地制度为核心的“天朝田亩制度”，推行了耕者有其田的政策。在太平军内部实行平均分配的“圣库”制度，并设立诸匠营和百工衙等统一管理各种手工业的机构，还实行了解放妇女和逐步开放商业的政策。
由于太平天国政权的种种失误，使清政府得以重新聚集力量来反扑。１８６４年７月天京终于被攻陷。清军入城后，洗劫了天王府及其他王府和仓库，并纵火焚烧，使金陵遭到了一次浩劫，连明故宫、明孝陵及大报恩寺琉璃塔亦均被毁。
此后，南京又被清政府用作统治东南地区的中心。并根据被迫与英、法等资本主义列强所订的不平等条约－－《天津条约》，将南京下关开放为商埠。在１９１１年辛亥革命前的５０年间，南京开办了几处以军火工业为主的近代机器的印刷、发电等工厂。兴建的宁沪、津浦两条铁路，分别于１９０８年和１９１１年通车，江南水师学堂、江南陆师学堂、高等学堂，以及三江师范学堂（后改称两江师范学堂）等等。我国近代的文豪鲁迅，曾于１８９８年至１９０２年间先后就读于江南水师学堂和江南陆师学堂附设的矿务铁路学堂。 中华民国
１９１１年１０月１０日爆发的辛亥革命，一举推翻了清王朝，埋葬了封建帝制。同年１２月，宣布起义的１７省代表在南京集会，宣布改国号为中华民国，以公元１９１２年为中华民国元年，以南京为临时首都，并选举孙中山先生为临时大总统。孙中山先生于１９１２年元旦从上海乘专车来南京就职，临时大总统府就设在清代的两江总督署内，今遗址犹存。其后，在经过了十余年的军阀统治以后，１９２７年至１９４９年期间，中华民国政府又再度建都于南京。
１９２７年国民政府定都南京后，对南京城市曾作了一些规划。规划以明故宫一带为中央政治区，新街口一带为商业中心区，江苏路一带为花园住宅区，城南和城北为一般住宅区。建造了“中央博物院筹备处”、“中央医院”、“黄埔军官学校”、明故宫机场等几项较大的建筑。１９２９年建成中山路和陵园路。当年，孙中山灵柩南下安葬时，即经这条大道。后来又陆续修了几条柏油路。在新街口、大行宫、太平路一带建了一批银行、商场、酒楼和旅馆等。这样，明清以来的南京城区有了一定的改观。
１９３７年１１月，日本侵略军侵占上海后分三路进攻南京。蒋介石于１２月５日逃离南京，国民党政府所属机构分别迁往武汉和重庆。１２月１３日，日军占领了整个南京城。日军一进入南京，就开始了灭绝人寰的大屠杀。我无辜同胞惨遭杀害达３０万人以上。日军占领南京后，把侵华日军总司令部设在南京，后来，以汉奸梁鸿志为头子的维新政府和以汉奸汪精卫为头子的伪政府均设立于南京，使南京成为日、伪统治中心。１９４５年８月１４日，日军宣布投降，９月９日“中国战区日本投降签字典礼”在南京黄埔路陆军总部大礼堂举行。１９４６年５月，国民政府还都南京。
１９４６年５月３日，以周恩来为首的中共代表团到南京，就维护停战协定和政协决议的问题，继续与国民党进行谈判斗争。１１月１５日，国民党反动派悍然推翻政协决议，发动了反人民的全面内战。
南京解放
辽沈、平津、淮海三大战役以后，国民党的精锐主力部队几乎丧失殆尽。１９４９年元旦，蒋介石在美帝国主义者的授意下为了争取喘息时间又在南京玩弄假和平阴谋，发表了一个“引退求和”声明。４月１日，国民党政府和谈代表团飞赴北平，４月２０日北平和谈破裂，４月２１日，毛泽东和朱德发出了《向全国进军的命令》。我百万雄师，在千里长江分三路渡江作战。４月２３日深夜，人民解放军渡过长江，４月２４日晨解放军先遣部队直奔“总统府”，把胜利的红旗插上了蒋介石“总统府”的门楼上。从此，南京这座世界闻名的文化古城获得了新生，永远归入人民的怀抱。捷报传到北平，毛泽东写下了具有伟大历史意义的《人民解放军占领南京》的不朽诗篇：
钟山风雨起苍黄，百万雄师过大江。
虎踞龙盘今胜昔，天翻地覆慨而慷。
宜将剩勇追穷寇，不可沽名学霸王。
天若有情天亦老，人间正道是沧桑。
为了纪念具有伟大历史意义的渡江战役，南京市军民在下关热河路广场新建了渡江胜利纪念碑。上有当年指挥渡江战役的邓小平手书的“渡江胜利纪念碑”七个大字。
