“鲤鱼跃龙门”神话传说故事，正式见诸文字记载的是汉代辛氏所著《三秦记》。该书已失传。据后人著述为《艺文类聚》、《太平广记》对该书的引述来看，《三秦记》中曾多处提到“鱼跃龙门”的传说。如“河津一名龙门，水险不通，鱼鳖之属莫能上。江海大鱼薄集龙门下数千，不得上，上则为龙也。”又如“龙门山在河东界……每暮春之际，有黄鲤鱼逆流而上，得者便化为龙。”等等。
其实，以现代科学即可破解“鲤鱼跃龙门”这个谜团：这里说的“鲤鱼”实际是“鲔鱼”，或称“鳣鱼”，又叫“鳇鱼”或“黄鱼”，也就是鲟鱼。鲟鱼是江海回游性的鱼类，体长约两米，最大可长5米以上。我国珍稀动物中华鲟、东北鲟、长江鲟即是这类鱼。由于古代大鲤亦名“鳣”，故古人将“鲔鳣”与大鲤相混，传为“鲤鱼跃龙门”。
鲟鱼到龙门不是为“腾跃成龙”，而是为了繁衍后代。四川省长江水产资源调查组著的《长江鲟鱼类生物学及人工繁殖研究》一书称：鲟鱼产卵“多在江河上游，水温较低，流速较大，流态复杂，河道宽窄相间并具石砾底质的急滩地带”。而山、陕两省交界处的龙门一带正具有以上地貌特征，因而成为鲟鱼云集产卵的一个理想场所。
“龙门赤河”现象则因为鲟鱼产卵前雌雄追逐，时常跃出水面。每年春天大批鲟鱼回游至龙门穴洞之处集结，并且在临产卵前两三天内频繁跳跃。跃出水面时，鲟鱼充血发红的鱼鳍也露出水面，一时间成千上万条大鱼在河面翻动，远望一片红光，于是出现了“赤河”景象。因鱼多故可长达数里，亦可持续数日，即形成了“赤河三日”“赤河三里”的特异现象。
《竹书纪年》是战国末期魏国史官的作品，书中“龙门赤河”的记载，说明当时“鲤鱼跃龙门”的神话故事还未形成。而“鱼化为龙”的记载多出自汉代典籍，故神话故事的形成当在西汉初年，且可能与汉初神龙崇拜观念强化有关。
鲤跃龙门
相传很久以前，黄河氾滥。舜启用鲧的儿子大禹继承父业，治理洪水，禹的治水办法是疏浚。玉帝命自已的小女儿下凡，化做涂山女，嫁给大禹为妻，帮他一起治水。大禹疏浚黄河之洪水至山西省河津西北，陕西省韩城东北，分跨黄河两岸，形状如同门阙之山崖壑口，终将洪水疏导，此壑口称之禹门。居住在黄河中的鲤鱼却被冲出禹门，骤然跌出了十多丈深的大瀑布，鲤鱼们也无法溯流而上，返回故乡，因此鲤鱼向大禹夫妇抗议著。涂山女笑了：「我去请奏玉帝，能跃上豁口者，马上化为飞龙，腾云上天，跌坏额鳃的，只能怨自己生来就是凡品啦，也别捣乱了…。」从此，每逢暮春季节，就有无数金色鲤鱼循著黄河逆流而上，聚在禹门下，奋力跳跃，偶有一跃而过者，便化为苍龙，腾飞九天之上。化龙飞升的禹门叫「龙门」，「一跃龙门，身价百倍」意即如此。
科举时代，参加会试获得进士功名的，也被称作「登龙门」。
传装中，常以龙头鱼身的鳌鱼来表现「鲤跃龙门」的典故。本堵表现滚滚江浪中，鲤鱼在禹门下吐津迫，而跃过禹门成龙的鳌鱼，展翅欲飞冲天的模样。
