科学是反映客观规律的知识体系，科学知识萌发于人类早期的社会实践，古代文明已包含许多近代科学得以发展的因素。由于人类社会实践和认识的历史局限性，古代的科学知识在很长的历史时期一直附属于在思维方式上尚未摆脱想象性和猜测性的自然哲学体系，甚至寄生于宗教神话中。在中世纪，科学成了神学的分枝。科学与宗教的历史混合状态随着人类社会实践和认识的发展而逐步解体，科学从自然哲学体系和宗教神话中分化出来，成为实证性的科学。1543年，哥白尼《天体运行》一书的出版，是近代科学与宗教世界观彻底决裂的第一次宣告。从此自然科学便开始从宗教神学中解放出来，科学的发展从此便大踏步地前进，科学与宗教走上了公开冲突的道路。
科学与宗教在本质上是对立的。科学不承认任何超自然的力量，反对用超自然的原因和力量去证明任何自然现象及其发展过程。宗教就其本质而言就是对超自然力量的崇拜，相信超自然的上帝和神灵主宰世界。宗教的本质决定它否认客观存在的必然性和规律。对超自然力量的肯定和否定，决定了宗教与科学在本质上的对立是不可调合的。在认识方法上，宗教与科学也是根本不同的。自然科学从物质的各种实在形式和运动形式出发，去认识事物的各种联系并尽可能地用经验去证明。宗教认识其信仰对象的基本方法是信仰主义，依靠超经验、超理性的启示或神秘主义的直觉。在社会作用方面，宗教与科学也是大相径庭的。科学技术的发展造成巨大的社会生产力，从而推动社会的发展。马克思主义把科学看作是最高意义的革命力量。虽然宗教在特定的历史条件下也通过宗教运动对社会发展起过特殊的推动作用，但一般说来，宗教在历史发展中是一种保守的因素。因为宗教往往把现存的社会制度当成神意的体现，看成神圣不可侵犯的东西。
历史上，科学在每一领域取得的任何重大成就，都意味着在这个领域内自然规律的发现和对超自然力量的否定，意味着把神秘的作用和无知的影响从这个领域中清除出去。17世纪以来，近代实验科学所开始的从自然界各个领域中清除上帝主宰作用的进程势不可挡。从17世纪到19世纪，由笛卡尔、康德、拉普拉斯、达尔文所代表的进化理论在天体物理学、地质学和生物学中取得了重大成就，形成了与上帝创世信仰直接对抗的天体演化说、地质发展观和生物进化论。19世纪以来，自然科学的重大发展导致对自然规律更完善的表述。如现代物理学为经典力学、相对论和量子力学找到了它们各自适用的条件和范围，把研究高速运动的相对论，研究常规运动的经典力学和研究微观世界的量子力学有机地统一起来，进一步证明了神学世界观的臆测成分。自然规律的新发现，自然科学的新进展，总是必然地导致对宗教神学的进一步认识。
自然科学是针对已知事物进行研究的,研究的对象是以自然作为主体;而宗教是针对人文为主,属于精神领域的较多,而且宗教所关怀的是生的和死的双重方面的,包括已知和未知两方面.宗教所研究的对象主要是人文方面.
一般而言,宗教是支持自然科学的,尤其是佛教.现在的基督教也在做大量的支持自然科学研究的工作,双方都认为这是必要的.宗教和自然科学两者目前的关系趋于和谐统一的状态.
