細菌是非常古老的生物，大約出現於37億年前。
真核生物細胞中的兩種細胞器，線粒體和葉綠體，通常被認為是來源於內共生細菌。
微生物大量分佈於有食物，潮濕，合適的溫度，適於它們繁殖和生長的地方。細菌可以被氣流從一個地方帶到另一個地方。人體是大量細菌的棲息地；可以在皮膚表面、腸道、口腔、鼻子和其他身體部位找到。它們存在於人類呼吸的空氣中，喝的水中，吃的食物中。
細菌(Bacteria)是生物的主要類群之一。它們多數只能在顯微鏡下看到，一般是單細胞，細胞結構簡單，缺乏細胞核、細胞骨架以及細胞器，比如線粒體和葉綠體。由於這些特徵，細菌屬於原核生物（原核生物的另一類是古菌(Archaea)。或者本類群稱作真細菌(Eubacteria)，而另一類爲古細菌(Archaebacteria)）。與原核生物相反，具有更複雜細胞結構的生物被稱爲真核生物(Eukaryota 或 Eukarya)。
細菌是所有生物中數量最多的。它們廣泛分佈於土壤和水中，或者與其它生物共生。很多病原體是細菌。細菌非常小，通常大小隻有0.5到5.0微米，儘管有一些直徑可達0.75毫米（硫珠菌(Thiomargarita)）。細菌通常像植物和真菌一樣，具有細胞壁，但其組成不同，爲肽聚糖。很多細菌利用鞭毛運動，其結構也與其它生物不同。
細菌這個名詞最初由德國科學家埃倫伯格(Christian Gottfried Ehrenberg, 1795-1876)在1828年提出，用來指代某種細菌。這個詞來源於希臘語βακτηριον，意為「小棍子」。
1866年，德國動物學家海克爾(Ernst Haeckel, 1834-1919)建議使用「原生生物」，包括所有單細胞生物（細菌、藻類、真菌和原生動物）。
1878年，法國外科醫生塞迪悅(Charles Emmanuel Sedillot, 1804-1883)提出「微生物」來描述細菌細胞或者更普遍的用來指微小生物體。
因為細菌是單細胞微生物，用肉眼無法看見，需要用顯微鏡來觀察。1683年，列文虎克(Antony van Leeuwenhoek, 1632–1723)最先使用自己設計的單透鏡顯微鏡觀察到了細菌，大概放大200倍。路易巴斯德(Louis Pasteur, 1822-1895)和羅伯特科赫(Robert Koch, 1843-1910)指出細菌可導致疾病。