卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，症状是否恶变，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，造成子宫附件的变形情况，是否保留生育功能及患者的主观愿望等因素而定。
现代医学一般采用手术切除囊肿，痛苦大，潜在风险高，费用也高，恢复缓慢，易感染，对工作，学习和生活有一定影响，放疗，化疗易损伤正气及机体正常细胞，使患者免疫功能降低，痛苦较大，费用也大，激素类药物易引起肝，肾等其他脏腑功能正常，也会对药品产生依赖性。
中医中药从整体观入手，对机体的气血，经络，脏腑功能进行全面调理，以达气血，经络之通畅，阴阳之平衡的升降浮沉原理，使正气内存，邪不可干的祛邪外出之功。服用纯中药二十五味鬼臼丸、竭蛭胶囊会进一步起到扶正固本的作用，同时对卵巢囊肿引起的并发症也能起到良好的治疗作用。
