一、内涵不同。药品是用于疾病的预防和治疗；保健食品是具有特定保健功能或者以补充维生素、矿物质为目的的食品。
二、功效不同。药品有严格的适应症，治疗疾病有一定的疗效，不良反应明确；保健食品具有调节机体的功能，没有明确的治疗作用，对人体不产生任何急性、亚急性或慢性危害。
三、质量标准不同。药品必须在制药厂生产，空气的清洁度、无菌标准、原料质量等要求必须达到GMP标准( 药品生产质量管理规范)；保健食品则没有这方面的强制规定，但是也要通过安全性毒理学试验、功能学试验、功效成分或标志性成分检测、卫生学试验、稳定性试验等检测。
四、批准文号不同。药品批准文号为国药准字；国产保健食品批准文号格式为：国食健字G＋4位年代号＋4位顺序号，进口保健食品批准文号格式为：国食健字J＋4位年代号＋4位顺序号。