太湖流域是我国经济最发达的地区之一。虽然流域面积仅占国土面积的O.4%，人口占全国的3%，但其国内生产总值却占全国的10%，财政收入占全国的16%。随着经济的发展，这一地区的水资源问题渐趋严重，突出表现在以下三个方面：
一是由于工业和城乡生活污水量及农田化肥农药使用量逐年增加，处理水平较低，致使水资源污染严重。1998年全流域骨干河道中，污染严重(Ⅳ类及Ⅳ类以上水质)的河段长度已达77%以上，整个河网已基本被污染。流域内的浅层地下水也已大都被污染。
二是流域当地人均水资源量不足，只能依靠引长江水以补不足。现状工情及2000年用水水平下，考虑引用长江水，太湖流域中等干旱年缺水8.6亿立方米，特殊干旱缺水22.2亿立方米。但90年代以来，太湖河网水质恶化，已使长江引水成为困难，若引水不当，将会造成新的污染事故。
三是局部地区地下水超采严重，引起地面下沉。由于河网污染和浅层地下水污染，很多原来在河网取水的工厂就地挖掘深井，大量直接抽取深层地下水(承压水)。苏锡常地区和嘉兴地区已形成地下水超采区，并形成了以这些城市为中心的沉降漏斗区，漏斗中心地面沉降达l米。地下水超采、地面沉降不但降低了已建水利工程的防洪标准．而且使含水层地下水储量减少，水质变坏，还可能造成海岸侵蚀，滩涂资源减少。
虽然太湖流域水资源污染问题早已引起国家有关部门的高度重视，1998年底还专门开展了“工业污染源达标排放行动”，对缓解太湖水资源质量恶化趋势起到了一定的作用，但要真正实现“太湖水变清”的目标，还需要有新的思路、新的办法、采取综合措施来统筹解决。“达标排放行动”强调的是污染源的末端治理。既不管工厂产生多少污水，含有多少污染物，也不管容纳水体有多大水环境容量，只要废水达标，就能允许排入水体。按这种办法治理，即使全流域工业、城镇生活污水(每年43亿吨)真正实现达标排放，按现有径流量进行稀释，流域河网水质仍难达到水域功能的要求，大部分河网水质仍属V类或劣于V类，太湖水也难以变清。
真正要解决太湖流域的水资源污染问题，关键要从水资源可持续利用的角度，从配置、节约、保护、治理、开源五个方面去下工夫统筹解决。
首先，要抓好流域水资源、水环境容量的配置工作。要根据河湖的现状和用途，划定水功能区划，然后按水域功能、流量及水体自净能力来确定水体水环境容量。在水体功能要求高(集中式水源地太湖)、水环境容量小(流量小的河道)的地区，对排污量大的用户，就不能发放取水许可证，不能配给水资源。
第二，加强节约用水工作。目前本流域水资源浪费现象相当严重，如不加控制，2010年全流域总用水量将达到578亿立方米。从农业灌溉方面看，灌溉的科学性不够，不讲灌溉定额，大水漫灌，现有灌溉渠系的水利用系数大多只有0.4～0.5；从工业用水看，由于设备简陋、陈旧，工艺水平落后及管理水平低，工厂内水的重复利用率较低，造成单位产品耗水率高于发达国家几倍甚至几十倍。
第三，在节水的基础上，要严格加强水资源保护和水污染治理工作。要按照“城镇工业企业实行清洁生产战略，污水达标排放和污染物总量控制；生活污水实行集中处理，并考虑脱氮工艺；农村全面建设生态农业”的原则，制订水污染防治方案。对河湖有机底泥要考虑定期疏浚措施，对太湖底泥淤积严重、影响饮用水源的地区如东太湖、梅梁湖，要考虑实施专门的环境清淤计划。对河道要实行“清污分流”措施，一方面要加强对集中水源地太湖、阳澄湖和黄浦江上游和供水河道太浦河、望虞河等的保护工作，要专门制订流域“清水走廊清水湖”计划；另一方面，对经二级处理后的污水，要规划专门的排放管网和河道，并考虑其排放去向，有条件的要输送出境，前提是不对长江、杭州湾和东海产生新的污染。
第四，开辟新的活水源头。鉴于太湖流域本地人均水资源量不足，太湖换水周期较长的特点(太湖目前换水周期约为300天一次)，有必要增加清水引入量。一方面水利部门要充分利用现有和即将完成的流域骨干水利工程，在非汛期开辟活水源头，增加太湖进水量，加快湖水置换速度，提高水体自净能力，改善湖水水质。另一方面也要进行芜湖一太湖新运河的可行性研究，进一步研究加强引取长江清水的能力。
只有从水资源可持续利用的高度，并采用综合治理的方法，以较大的投入和较长的时间(10～30年)，才能使太湖水真正变清，以解决流域水资源问题。而当务之急是太湖流域急切需要一个统一的流域水资源可持续利用、保护规划，要有一个各方、各部门都能接受的流域水资源合理配置、节约利用、有效保护、科学管理的综合方案。
太湖流域水环境监测中心于2005年12月2日—9日对太湖流域和东南诸河水体进行了水资源质量监测，其中包括江苏、浙江、上海和安徽四省（市）界河流22个断面和省界湖泊太湖（31个监测点）、淀山湖（3个监测点）共34个监测点；东南诸河省界水体包括浙闽、浙皖省界河流5个断面。
一、太湖流域
本月太湖流域省界河流水质5％为Ⅱ类，23％为Ⅲ类，18％为Ⅳ类，18％为Ⅴ类，36％为劣于Ⅴ类；太湖水体水质91.8％为Ⅲ类，5.5％为Ⅳ类，2.5％为Ⅴ类，0.2％为劣于Ⅴ类；淀山湖整体水质为劣于Ⅴ类。
与上月相比，省界河流污染比例下降10个百分点，太湖水体污染比例下降14.5个百分点；与去年同期相比，省界河流污染比例下降14个百分点，太湖水体污染比例保持不变。
太湖水质指标高锰酸盐指数平均浓度为4.77mgL，氨氮为0.36mgL；太湖富营养化指标总磷平均浓度为0.090mgL，总氮为1.69mgL，叶绿素a为17.8mgm3。
（一）省界河流水质
本月省界河流22个监测断面中，1个断面水质为Ⅱ类，占5％，5个断面水质为Ⅲ类，占23％；4个断面水质为Ⅳ类，占18％；4个断面水质为Ⅴ类，占18％；8个断面水质为劣于Ⅴ类，占36％。未达到地表水Ⅲ类标准的项目主要有氨氮、溶解氧、五日生化需氧量、高锰酸盐指数和化学需氧量等。
苏沪边界6个河流监测断面中，太浦河的汾湖大桥断面水质为Ⅲ类，其他断面水质为Ⅳ—劣于Ⅴ类。
苏浙边界8个河流监测断面中，横泾港的太师桥断面水质为Ⅲ类，其他断面水质为Ⅳ—劣于Ⅴ类。
浙沪边界7个河流监测断面中，漕芳泾的漕芳泾桥断面、太浦河的东蔡大桥断面和丁栅港的丁栅闸断面水质为Ⅲ类，其他断面水质为Ⅳ—劣于Ⅴ类。
浙皖边界杨桥河的杨桥断面水质为Ⅱ类。
（二）省界湖泊水质
1.太湖
太湖31个监测点，分9个湖区进行评价。评价结果显示，本月太湖水体水质有91.8％的水域面积为Ⅲ类，5.5％为Ⅳ类，2.5％为Ⅴ类，0.2％为劣于Ⅴ类。未达到地表水Ⅲ类标准的项目主要有氨氮、五日生化需氧量、高锰酸盐指数和化学需氧量。
富营养化评价结果显示，本月太湖6.7％的水域为中营养水平，其余93.3％的水域为富营养水平。
2.淀山湖
淀山湖共3个监测点，水质均劣于Ⅴ类，未达到地表水Ⅲ类标准的项目有氨氮和五日生化需氧量；富营养化评价结果显示，淀山湖为富营养水平。淀山湖水质指标高锰酸盐指数平均浓度为5.06mgL，氨氮为3.63mgL；富营养化指标总磷平均浓度为0.241mgL，总氮为6.52mgL，叶绿素a为20.3mgm3。
（三）达标分析
太湖5个湖区中，仅五里湖和湖心区的总氮未达标，其余均达标。12条省界河流的监测断面中，高锰酸盐指数有5个断面达标，氨氮有6个断面达标，总磷有10个断面达标。
二、东南诸河地区
东南诸河5个省界水体监测断面中，本月浙皖边界新安江的街口、浙闽边界照澜溪的甘岐断面、浙闽边界建溪的岩下和浙闽边界竹口溪的新窑断面均为Ⅲ类；浙闽边界松溪的菊水断面为Ⅱ类。