乙肝疫苗的不良反应，主要是恶心、皮疹、头痛、发热、不适、疲劳、流感样症状、呕吐、头晕、荨麻疹、瘙痒、关节痛、肌痛、腹泻和嗜眠等，发生率为１∶５５５００～１∶２９４０００。
极个别接种者有视力减退、嗜酸粒细胞增多、肾小球性肾炎或血小板减少性紫癜等。这些症状和疾病与重组疫苗的关系虽尚未完全确定，但应引起重视。从２０多个国家研究资料综合分析，重组乙肝疫苗的安全、有效已肯定，除注射局部有轻度疼痛、红肿、硬结，偶有发热、疲劳、头痛外，未见有直接相关的严重不良反应。
临床研究表明，人体对基因工程乙肝疫苗（酵母重组）有很好的耐受性，无严重副反应出现。有报道极少数对酵母或硫柳汞高敏者，在接种后有致敏现象，这种人群应禁用。