唐朝建立后不久，还爆发了一场骨肉相残的变乱，即所谓玄武门之变。原来高祖正妻窦后生有四子，三子玄霸早亡，其余长子建成、次子世民、四子元吉都随父亲打天下。唐朝建立后，高祖以建成为太子、世民为秦王、元吉为齐王。秦王李世民自太原起兵到统一全国，战功显赫，早为其兄弟所疑忌。太子见其弟谋略过人，手下人才济济，恐其夺位，故与四弟齐王元吉联合，多次谋害秦王而未遂。李世民本就不愿将自己创下之江山拱手让人，遂决心发动政变。武德九年(626年)六月三日，秦王向父皇密奏太子、齐王淫乱后宫、多次图谋害己之事，高祖定翌晨召诸子入宫勘问。当太子、齐王经玄武门入宫时，秦王突袭之，亲手射杀太子，其下属尉迟恭则射杀齐王。史称「玄武门之变」。
参考资料：http://www.ndcnc.gov.cn/datalib/2002/NewEvent/DL/DL-181525