我国自1996年开始由一个纯大豆出口国变成了净进口国，每年从美洲国家进出口约300多万吨的大豆，其中可能包括从美国进口的转基因大豆。因此，我们的餐桌上将会越来越多地出现以这种大豆为原料的转基因大豆食品。那么，转基因大豆食品是否安全呢?
对于转基因植物作为食品时的安全性问题，国际经济互助开发组织(OECD)制定了关于各国进行转基因技术利用指南。该指南认为，如果导入基因产生的蛋白质经确认是安全的，或者是转基因作物和原作物在成分、形态、生态上没有特殊的变化的话，就可以认为转基因作物在安全性上和原作物是同等的，即“实质等同性(SE)”原则。
再次，标志基因的扩散问题。一般说来，DNA的摄取量很低，很快在胃和肠内被消化。因此，转基因操作标识用的抗卡那霉素基因也不可能进入人体细胞。另外，抗卡那霉素基因向肠内细菌转移的概率也是极其低的，约10-17。再说，我们每天摄入体内的抗卡那霉素微生物约有1.2×106个。此外，人们还担心人类从前没有食用过转基因食物而引起蛋白质过敏反应。但用动物进行的急性、亚急性实验表明，即使摄取量相当于人日常摄取量的1500倍到50万倍也没有危害。