对有单纯疱疹，带状疱疹或水痘的肺部感染者，一般主张用阿昔洛韦，成人5~10mg/kg，每8小时1次，或儿童250mg/m2 体表面积，每8小时1次。在器官移植的受者中，巨细胞肺炎可用更昔洛韦5mg/kg静脉注射，每日2次，以及使用免疫球蛋白(静脉注射免疫球蛋白或巨细胞病毒免疫球蛋白)。这种治疗对AIDS病人无明显疗效(流感的预防和治疗在第162节流感中讨论)。
有些病人，尤其是流感病人，如合并细菌感染则需抗生素治疗。常见主要病原体是肺炎球菌和金黄色葡萄球菌，其次是流感嗜血杆菌，甲型β-溶血性链球菌和脑膜炎奈瑟球菌。致病微生物，病人年龄和合并症各异，预后也有很大差别。治疗依据病原体而定。