牡丹种子是由子房内的胚珠发育而成的，8月上、中旬成熟，结实率因雌雄蕊的瓣化程度增高而降低，甚至不结实，种子在达到一定成熟度后，其萌芽率随成熟度提高而降低。牡丹种子的上胚轴具有休眠的特性，在7月下旬至8月上中旬即可采收，宜即采即播，过早过晚会降低发芽率。牡丹果实过分成熟会崩裂使种子落地，减少采种量。牡丹种子播种前要用水选法选种，选择饱满而无病虫害的优良种子备用。播种时须深耕细作，施足底肥，整地消毒。牡丹宜采用高床宽窄行播种，床宽60至70厘米，每床2行，亩播种量75至100 公斤。播种不可过深，以3至4厘米为宜，播后覆土与地面平，俗称“种子入土，深不过五”（5厘米）。再轻轻将土壤踏实，浇透水，冬季要覆上谷草、树叶或马粪，或用地膜盖好，以保温、保墒、防寒。翌年牡丹萌动出土后，使幼苗露出地面，弱者仅生出一片小叶，壮者可生出2至3片叶，应及时中耕除草。小苗1至2年后即可移栽或作根砧，实生牡丹一般3至5年可开花。