一、 内部审计应从内控制度入手，审查内部监督制度的健全性、完善性和有效性。
无论是企业单位还是行政事业单位，在经济活动中的会计核算都有其应该遵循的会计制度和财务准则，根据本行业适用的国家财务规定，制定相应的单位内部控制制度，从而有效地监督和服务于本单位的经济建设，是每个单位必须进行的重要工作。审计人员应根据本行业特点和会计核算过程的关键控制点以及单位或部门应当遵循的有关规定，判断本单位内控制度的重点内容应由几个方面组成，而单位是否在这些方面建立了监督管理制度，从而审查其内控制度的健全性、完善性；其次应对单位已有的制度进行符合性测试，审查其是否符合行业规定，是否适用于实际情况，是否得到贯彻执行，从而审查其内控制度的有效性。
二、 审查资金来源的正确性和收入的完整性。
首先理清被审计单位资金来源渠道，分清收入款项，审查其收入来源是否正确；其次审查其是否区别经营性、非经营性、专项资金等资金性质，将各项收入全部纳入单位财务统一核算和管理，有无隐慝收入，设置帐外帐等违法行为；再就是审查有关收入完税情况。
三、 审查各项支出的合规性和效益性。
对于本单位各项支出，应重点审查支出结构是否合理，有关手续是否完备。支出项目是否真实，是否具有经济效益或社会效益；专项资金是否专款专用，资金使用效果如何，有无挤占、挪用或损失浪费情况；其他支出中有无为了逃避监督的模糊项目，是否非法支出。审计本部门的效益性应从实际出发，特别要抓住本单位大额资金支出项目和专项资金项目为突破口，必要时应对资金使用全过程进行跟踪审计，审计资金的预算是否合理，是否按任务情况安排到位，资金物化结果如何等等，通过审计避免经济损失。
四、 审查资产、财物管理的安全性。
对固定资产的购置、建设、处置等情况进行审查，主要查其帐实、帐帐是否相符，有无非法处置资产情况，处置资金有无不按规定入帐，而是转做“小金库”随意挥霍等问题；资产处置手续是否完备，帐务处理是否正确。
五、 审查债权债务总体情况。
主要审查债权债务的明细项目是否清晰，有无责任人员或部门负责，债权债务形成的依据、原因、用途及形成过程，有无呆、死帐，有无利用债权债务以权谋私的问题；有无借债乱发钱物，随意改变借款用途等问题。
六、 审查重大经济事项决策的制定和执行情况。
主要审查重大经济事项决策是否经领导班子集体决定，有无独断专行造成重大损失的行为，有无重大遗留问题。
通过内部审计应该达到为本单位领导提供可靠、真实、准确的经济活动监督信息，为领导决策服务。内部审计还要不断健全审计责任制，强化审计项目质量约束，确保审计证据的客观、公正、充分、有力、到位，有效的发挥内部审计的预警作用。
