根据中华医学会肝病学分会、中华医学会感染病学分会最近公布的《慢性乙型肝炎防治指南》规定：①有乙肝病毒复制指标，HBeAg阳性、HBVDNA阳性或≥105拷贝/ml，或HBeAg阴性、HBVDNA≥104拷贝/ml。
②ALT≥2×ULN（二倍正常值上限），如果ALT＜2×ULN，应当进行肝脏活体组织检查，肝脏组织学显示明显炎症者也可抗病毒治疗。
但有不少病人没有达到上述要求就用上了抗病毒药物，则很难收到理想的效果。许多感染乙肝病毒的人肝脏功能没有改变，ALT正常，可能是一名病毒携带者，这是不需要抗病毒治疗的；ALT达到80单位以上才是抗病毒的适应症，病人检测的ALT为50～70单位左右时，不要忙于抗病毒。假若有一次检测ALT超过80单位，不必急于抗病毒，而应再复查2～3次，仍超过80单位，才启动抗病毒治疗措施。
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发生了重叠感染
病人具备了抗病毒的指标，但发生重叠感染也是治疗失败的重要原因。重叠感染就是慢性乙肝病人又感染了丙肝病毒、丁型肝炎病毒，或者艾滋病病毒等。在这种情况下，虽然仍然需要抗病毒治疗，但效果很差。在治不好的乙肝患者中，乙、丙肝病毒重叠感染比较多见，治疗也非常麻烦，遇到这种情况一定要请有经验的专科医生给予处理。
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饮酒
轻、中度病情的慢性乙肝病人，活动自如，有的患者不能严格要求自己，继续饮酒。第一，可损害肝脏。第二，酒精还能激活体内的乙肝病毒，也就是说酒精能够抵消抗病毒药物的作用，一边抗病毒治疗，一边饮酒，那就是瞎子点灯——白废蜡。酒是肝病之敌，啤酒、低度酒、果酒等都不可以饮用，否则慢性乙肝的治疗是没有希望的。
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过度治疗和不规范治疗
过度治疗是一个非常多见的现象，我们在临床中发现，很多病人要服用6～8种药物，最多的达10种，其中有的药物是医生让用的，有的药物是病人擅自用的，盼望将自己的乙肝立即治好。结果事与愿违，不但没有治好病，反而使自己的病情更加缠绵。实际上，患者可能已出现药物性肝损伤。另外，多种药物进入人体后，可能发生药物之间的相互作用，抵消抗病毒药物抑制病毒的作用。不规范治疗就是不按医嘱用药，特别是抗乙肝病毒药物的非规范应用后果更为严重，如随意联合应用、漏服、随意停服、擅自终止治疗、加量服用、减量服用等，都要出问题。
其他原因
我们还发现，少数慢性乙肝可因合并非酒精性脂肪肝、依从性差、病毒变异、乙肝合并糖尿病或肾炎等原因而使治疗不满意。